plot_KOs_network函数

[luca780]

作者你好，
非常感谢能够提供如此简便快捷的R包，目前更新后，在使用plot_KOs_network函数绘制多个通路的网络图时遇到问题，请问您有发现这个是什么问题吗？我尝试跑单个通路也是会报这个错误，谢谢。

p7 <- plot_KOs_network(reporter_res,

• map_id = c("map01120","map01200","map03070"),
• main = "", mark_module = TRUE
• )

No 'from' and 'to' in the colnames(edgelist), use the first two columns as the 'from' and 'to'.
Error in igraph::as_data_frame():
! arg must be one of "edges", "vertices", or "both", not "v".
ℹ Did you mean "vertices"?
Backtrace:

1. ReporterScore::plot_KOs_network(...)
2. MetaNet::twocol_edgelist(id2ko)
3. MetaNet::c_net_from_edgelist(edgelist, vertex_df = nodelist)
4. MetaNet::c_net_update(go, initialize = TRUE)
5. MetaNet::get_v(go)
6. igraph::as_data_frame(x = go, what = "v")

[Asa12138]

你好，这应该是MetaNet版本适配问题，
请更新依赖包MetaNet：

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("Asa12138/MetaNet")

[luca780]

更新完，然后重新library(MetaNet）,
还是会遇到：No 'from' and 'to' in the colnames(edgelist), use the first two columns as the 'from' and 'to'.这个问题

[Asa12138]

不是报错吧，只是普通的提醒？能画出来吗

[luca780]

#关注的通路map的网络图（暂未跑通）
p7 <- plot_KOs_network(reporter_res,

• map_id = "map00052",
• main = "", mark_module = TRUE
• )
  No 'from' and 'to' in the colnames(edgelist), use the first two columns as the 'from' and 'to'.

p7
NULL
好像跑不出图

[Asa12138]

plot_KOs_network使用的是igraph而不是ggplot2绘图，所以无法把网络图保存为p7，而是在运行的时候图片直接出现（类似于base绘图）。

如果你想要ggplot绘图的话可以尝试以下代码，但可能不是很好看：

plot_features_network(reporter_score_res, map_id = "map00780", mark_module = T,return_net = T)->p
plot(as.ggig(p),labels_num = "all")

[luca780]

好的谢谢，可以跑出来了。还想请问下您，我的每个通路包含的KO都很多绘图出来密密麻麻，感觉您绘制的图都比较美观，请问您有处理过KO数量吗，还是这就是数据本身问题？

[luca780]

还想跟您请教一下，为什么RC值为负的这些map通路，他们的显著up的KO还是多于显著down的通路？是否应该是RC为负的通路对应的KO下调的更多才正常？

[Asa12138]

好的谢谢，可以跑出来了。还想请问下您，我的每个通路包含的KO都很多绘图出来密密麻麻，感觉您绘制的图都比较美观，请问您有处理过KO数量吗，还是这就是数据本身问题？

应该是数据本身问题了，有些通路的KO数量太多了

[Asa12138]

还想跟您请教一下，为什么RC值为负的这些map通路，他们的显著up的KO还是多于显著down的通路？是否应该是RC为负的通路对应的KO下调的更多才正常？

1.整条通路的RS正或负结果跟通路内KO上下调数量相关，但不是绝对的数量多少的关系，比如一个通路10个KO，7个上调，但是p值只有0.05，但是3个下调的p值都是很小<0.00001，那这三个下调的权重可能更大，最后整条通路为负。
2.另一个要考虑的是背景因素，比如你输入的KO，1000个有900个都在上调，那某个通路7个上调3个下调最后可能整个通路还是下调，因为矫正背景。

[luca780]

明白了谢谢，请问绘制网络图和单独一个通路KO基因的折线图，能否修改参数仅输出significant的？目前代码来看是exis的全部绘制出来了。

[Asa12138]

需要手动筛选：
1.网络图：

plot_features_network(reporter_score_res, map_id = "map00780", mark_module = T,return_net = T)->p
plot(MetaNet::c_net_filter(p,v_class!="None"))

2.折线图：

plot_features_in_pathway(ko_stat = reporter_score_res, map_id = "map00860")->p
p$layers[[3]]$data=dplyr::filter(p$layers[[3]]$data,!grepl("None",Significantly))
p

[luca780]

尝试了下基于RC包的代码修改网络图，会缺失分组的颜色，请问应该如何修改呢，您修改的这个代码应该去哪里学习，以进行定制想要的可视化结果呢，谢谢！
p7 <- plot_KOs_network(reporter_res,
map_id = "map00620",
main = "", mark_module = TRUE, return_net = TRUE)

plot(MetaNet::c_net_filter(p7, v_class != "None"))

[Asa12138]

devtools::install_github("Asa12138/ReporterScore")
plot_features_network(reporter_score_res, map_id = "map00780", mark_module = T,return_net = T)->p
plot(MetaNet::c_net_filter(p,v_class!="None"),mark_module = T)

可以去https://github.com/Asa12138/MetaNet学习下网络图定制