From 6a80f418335e552c5ed437a825f1e210a0ada5af Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nomore0912 Date: Tue, 6 Aug 2024 10:03:17 +0800 Subject: [PATCH] 0.1 document --- docs/index.md | 154 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++---- 1 file changed, 144 insertions(+), 10 deletions(-) diff --git a/docs/index.md b/docs/index.md index b23875a..7991b30 100644 --- a/docs/index.md +++ b/docs/index.md @@ -1,11 +1,25 @@ Contents ==== -* [Overview](#overview) -* [Quick Start](#quick-start) - * [Dependencies](#dependencies) - * [Installing Falcon2-VR](#installing-siga) - * [Running Falcon2-VR](#running-siga) +- [Overview](#Overview) +- [Quick Start](#quick-start) + - [Dependencies](#dependencies) + - [Installing Falcon2-VR](#installing-siga) + - [Running Falcon2-VR](#Running-Falcon2-VR) + - [Implement](#Implement) +- [Geting Start VR Mode](#Geting-Start-VR-Mode) + - [Enter VR Scene](#Enter-VR-Scene) + - [VR Menu](#VR-Menu) + - [Loading PDB](#Loading-PDB) + - [Drag PDB](#Drag-PDB) + - [Design PDB](#Design-PDB) + - [Surface](#Surface) + - [Color](#color) + - [Align](#align) + - [Docking](#docking) + - [Energy](#energy) + - [RefineStructure](#refineStructure) + * [Citation](#citation) * [FAQ](#faq) * [Support](#support) @@ -25,15 +39,135 @@ Quick Start ### Implement -| 参数 | 示例 | 描述 | -|:--------|:------------------------------------:|---------------------------------------------------------------------------------------------------:| -| Tools | "design","docking","energy","align" | 该参数表示工具所实现的特定功能或工作目标。例如，“design”蛋白质设计；“docking”对接工具；“energy”能量计算工具；“align”对齐工具。 | -| Name | "ProDESIGN","HDock"... | 该参数代表工具的具体名称，如“ProDESIGN”或“HDock”等。每个名称对应一个特定的工具，能够执行相应的功能 | -| Address | "https://0.0.0.0:9098/design" | 该参数表示工具对应的网络地址或访问路径，例如"https://0.0.0.0:9098/design" 。这个地址用于在网络环境中访问和使用相应的工具，确保用户能够通过浏览器或API接口进行操作。 | +| 参数 | 示例 | 描述 | +|:--------|:-----------------------------------:|---------------------------------------------------------------------------------------------------:| +| Tools | "design","docking","energy","align" | 该参数表示工具所实现的特定功能或工作目标。例如，“design”蛋白质设计；“docking”对接工具；“energy”能量计算工具；“align”对齐工具。 | +| Name | "ProDESIGN","HDock"... | 该参数代表工具的具体名称，如“ProDESIGN”或“HDock”等。每个名称对应一个特定的工具，能够执行相应的功能 | +| Address | "https://0.0.0.0:9098/design" | 该参数表示工具对应的网络地址或访问路径，例如"https://0.0.0.0:9098/design" 。这个地址用于在网络环境中访问和使用相应的工具，确保用户能够通过浏览器或API接口进行操作。 | + +## Geting Start VR Mode + +VR设备： + +| Oculus Quest | +|:--------------------------------------------------------------------| +| Cate | +| Cate | + + +### Enter VR Scene + +首先：VR程序启动，需要一个支持WebXR的浏览器。例如Google Chrome、Microsoft Edge、Firefox Reality等。 + +点击屏幕上`ENTER VR`按钮，进入VR模式。如图： +![ENTER VR](images/img.png) + +### VR Menu + +点击VR屏幕中的Cate,弹出VR中的菜单，实现VR的功能交互： +![MENU](images/menu.png) + +### Loading PDB + +点击`Menu`菜单中的`load PDB`按钮，加载PDB。PDB文件需提前放至`client/static/data`目录下, PDB ID会在点击`load PDB` +后，显示出来。选择目标PDB ID，加载PDB。 + +### Drag PDB + +Drag按钮用于在PDB结构中拖动特定的元素。通过选择"Drag Chain"、"Drag Residue"、"Drag Residue"或"Drag Residue"，可以在 VR +场景中拖动结构中的单个链、配体、残基或药物。 + +### Design PDB + +蛋白质设计 提供了一套强大的工具，用于在分子水平上修改蛋白质结构。这一特性允许您定制氨基酸序列和结构以达到所需的功能或性质。请按照以下步骤设计您的蛋白质： + +访问蛋白质设计工具： + +从主 VR 菜单进入 设计 模式。 +从子菜单中选择 设计 PDB ，这将提供选项以选择要修改的蛋白质区域。 + +选择设计区域： + +使用激光指针突出显示您希望设计的蛋白质区域。 +按下扳机键选择此区域。所选区域将会被高亮显示，表明它已准备好进行修改。 + +修改氨基酸序列： + +在选定区域后，您可以选择插入、删除或替换该区域内氨基酸。 +若要替换一个氨基酸，请返回到 VR 菜单中的 编辑 选项。 +从 20 种标准氨基酸列表中选择目标氨基酸。 +将激光指针对准您想要替换的残基并按下扳机键以完成更改。 + +优化结构： + +在修改序列之后，使用 优化 工具来完善蛋白质结构。 +这个工具有助于调整键角和距离，确保修改后的结构稳定可行。 + +审查更改： + +审查所做的修改，确保它们符合设计标准。 +使用 可视化 工具查看蛋白质的不同表示形式，并分析其属性。 + +导出新结构： + +当您对设计满意时，将新的蛋白质结构导出为 PDB 文件。 +导航至 VR 菜单中的 导出 选项并选择 导出 PDB 。 +系统会提示您保存文件，允许您命名并存储新设计的蛋白质。 + +保存并退出： + +完成工作后保存并退出设计模式。 + +### Surface + +`Surface`使用的是范德华力表面。通过调整透明度0.2-1.0，有0.2、0.4、0.6、0.8、1.0 + +![surface.png](images/surface.png) + +### Color + +通过VR Menu的颜色的菜单，可以根据`元素（Element）`、`残基（Residue）`、`二级结构（SecStructure）`、`链（Chain）`、`蛋白质（PDB）`、`疏水性（HYDROPHOBICITY）`等方式进行多样化修改颜色。 + +|`蛋白质（PDB）`| `元素（Element）` | `残基（Residue）` | `二级结构（SecStructure）` | +|:--------------------------------|:-------------------------------------|:---------------------------------------|:--------------------------------| +| 使用`Spectrum`从冷色调到暖色调的颜色渐变。| 使用`Spectrum`从冷色调到暖色调的颜色渐变。 | 使用`Spectrum`从冷色调到暖色调的颜色渐变。 | 使用`Spectrum`从冷色调到暖色调的颜色渐变。 | +| ![img.png](images/color_pdb.png)| ![img.png](images/color_element.png) | ![img_1.png](images/color_residue.png) | ![img.png](images/color_ss.png) | + + +### Align + +蛋白质对齐`Align`首先执行序列比对，在做结构上的比对，用于对蛋白质结构做对比。 + +### Docking + +蛋白质对接`Docking`是一种计算方法，用于预测两个蛋白质如何结合在一起以形成稳定的复合物。首先，选择合适的蛋白质对接工具，例如 HDOCK 等。接着，选定两个蛋白质——一个作为受体，另一个作为配体，并将它们提交给对接服务进行分析。最终，您将获得蛋白质对接的结果。 + + + +### Energy +采用dfire等蛋白质打分工具，对蛋白质结构做打分。 + + +### RefineStructure Citation ======== +``` +@article{10.1093/bioinformatics/btaa696, + author = {Xu, Kui and Liu, Nan and Xu, Jingle and Guo, Chunlong and Zhao, Lingyun and Wang, Hong-Wei and Zhang, Qiangfeng Cliff}, + title = "{VRmol: an Integrative Web-Based Virtual Reality System to Explore Macromolecular Structure}", + journal = {Bioinformatics}, + year = {2020}, + month = {08}, + issn = {1367-4803}, + doi = {10.1093/bioinformatics/btaa696}, + url = {https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa696}, + note = {btaa696}, + eprint = {https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-pdf/doi/10.1093/bioinformatics/btaa696/33560033/btaa696.pdf}, +} +``` + FAQ ====