alpha.cpp

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#include "myutils.h"
#include "alpha.h"

unsigned char g_AminoAcidChars[20] =
	{
	'A','C','D','E','F','G','H','I','K','L','M','N','P','Q','R','S','T','V','W','Y',
	};

unsigned char g_CharToLetterAminoStop[256] =
	{
	INVALID_LETTER, // [  0] 0x00
	INVALID_LETTER, // [  1] 0x01
	INVALID_LETTER, // [  2] 0x02
	INVALID_LETTER, // [  3] 0x03
	INVALID_LETTER, // [  4] 0x04
	INVALID_LETTER, // [  5] 0x05
	INVALID_LETTER, // [  6] 0x06
	INVALID_LETTER, // [  7] 0x07
	INVALID_LETTER, // [  8] 0x08
	INVALID_LETTER, // [  9] 0x09
	INVALID_LETTER, // [ 10] 0x0a
	INVALID_LETTER, // [ 11] 0x0b
	INVALID_LETTER, // [ 12] 0x0c
	INVALID_LETTER, // [ 13] 0x0d
	INVALID_LETTER, // [ 14] 0x0e
	INVALID_LETTER, // [ 15] 0x0f
	INVALID_LETTER, // [ 16] 0x10
	INVALID_LETTER, // [ 17] 0x11
	INVALID_LETTER, // [ 18] 0x12
	INVALID_LETTER, // [ 19] 0x13
	INVALID_LETTER, // [ 20] 0x14
	INVALID_LETTER, // [ 21] 0x15
	INVALID_LETTER, // [ 22] 0x16
	INVALID_LETTER, // [ 23] 0x17
	INVALID_LETTER, // [ 24] 0x18
	INVALID_LETTER, // [ 25] 0x19
	INVALID_LETTER, // [ 26] 0x1a
	INVALID_LETTER, // [ 27] 0x1b
	INVALID_LETTER, // [ 28] 0x1c
	INVALID_LETTER, // [ 29] 0x1d
	INVALID_LETTER, // [ 30] 0x1e
	INVALID_LETTER, // [ 31] 0x1f
	INVALID_LETTER, // [ 32] ' '
	INVALID_LETTER, // [ 33] '!'
	INVALID_LETTER, // [ 34] '"'
	INVALID_LETTER, // [ 35] '#'
	INVALID_LETTER, // [ 36] '$'
	INVALID_LETTER, // [ 37] '%'
	INVALID_LETTER, // [ 38] '&'
	INVALID_LETTER, // [ 39] '''
	INVALID_LETTER, // [ 40] '('
	INVALID_LETTER, // [ 41] ')'
	20 ,            // [ 42] '*' = STP
	INVALID_LETTER, // [ 43] '+'
	INVALID_LETTER, // [ 44] ','
	INVALID_LETTER, // [ 45] '-'
	INVALID_LETTER, // [ 46] '.'
	INVALID_LETTER, // [ 47] '/'
	INVALID_LETTER, // [ 48] '0'
	INVALID_LETTER, // [ 49] '1'
	INVALID_LETTER, // [ 50] '2'
	INVALID_LETTER, // [ 51] '3'
	INVALID_LETTER, // [ 52] '4'
	INVALID_LETTER, // [ 53] '5'
	INVALID_LETTER, // [ 54] '6'
	INVALID_LETTER, // [ 55] '7'
	INVALID_LETTER, // [ 56] '8'
	INVALID_LETTER, // [ 57] '9'
	INVALID_LETTER, // [ 58] ':'
	INVALID_LETTER, // [ 59] ';'
	INVALID_LETTER, // [ 60] '<'
	INVALID_LETTER, // [ 61] '='
	INVALID_LETTER, // [ 62] '>'
	INVALID_LETTER, // [ 63] '?'
	INVALID_LETTER, // [ 64] '@'
	0  ,            // [ 65] 'A' = Ala
	INVALID_LETTER, // [ 66] 'B'
	1  ,            // [ 67] 'C' = Cys
	2  ,            // [ 68] 'D' = Asp
	3  ,            // [ 69] 'E' = Glu
	4  ,            // [ 70] 'F' = Phe
	5  ,            // [ 71] 'G' = Gly
	6  ,            // [ 72] 'H' = His
	7  ,            // [ 73] 'I' = Ile
	INVALID_LETTER, // [ 74] 'J'
	8  ,            // [ 75] 'K' = Lys
	9  ,            // [ 76] 'L' = Leu
	10 ,            // [ 77] 'M' = Met
	11 ,            // [ 78] 'N' = Asn
	INVALID_LETTER, // [ 79] 'O'
	12 ,            // [ 80] 'P' = Pro
	13 ,            // [ 81] 'Q' = Gln
	14 ,            // [ 82] 'R' = Arg
	15 ,            // [ 83] 'S' = Ser
	16 ,            // [ 84] 'T' = Thr
	INVALID_LETTER, // [ 85] 'U'
	17 ,            // [ 86] 'V' = Val
	18 ,            // [ 87] 'W' = Trp
	INVALID_LETTER, // [ 88] 'X'
	19 ,            // [ 89] 'Y' = Tyr
	INVALID_LETTER, // [ 90] 'Z'
	INVALID_LETTER, // [ 91] '['
	INVALID_LETTER, // [ 92] '\'
	INVALID_LETTER, // [ 93] ']'
	INVALID_LETTER, // [ 94] '^'
	INVALID_LETTER, // [ 95] '_'
	INVALID_LETTER, // [ 96] '`'
	0  ,            // [ 97] 'a' = Ala
	INVALID_LETTER, // [ 98] 'b'
	1  ,            // [ 99] 'c' = Cys
	2  ,            // [100] 'd' = Asp
	3  ,            // [101] 'e' = Glu
	4  ,            // [102] 'f' = Phe
	5  ,            // [103] 'g' = Gly
	6  ,            // [104] 'h' = His
	7  ,            // [105] 'i' = Ile
	INVALID_LETTER, // [106] 'j'
	8  ,            // [107] 'k' = Lys
	9  ,            // [108] 'l' = Leu
	10 ,            // [109] 'm' = Met
	11 ,            // [110] 'n' = Asn
	INVALID_LETTER, // [111] 'o'
	12 ,            // [112] 'p' = Pro
	13 ,            // [113] 'q' = Gln
	14 ,            // [114] 'r' = Arg
	15 ,            // [115] 's' = Ser
	16 ,            // [116] 't' = Thr
	INVALID_LETTER, // [117] 'u'
	17 ,            // [118] 'v' = Val
	18 ,            // [119] 'w' = Trp
	INVALID_LETTER, // [120] 'x'
	19 ,            // [121] 'y' = Tyr
	INVALID_LETTER, // [122] 'z'
	INVALID_LETTER, // [123] '{'
	INVALID_LETTER, // [124] '|'
	INVALID_LETTER, // [125] '}'
	INVALID_LETTER, // [126] '~'
	INVALID_LETTER, // [127] 0x7f
	INVALID_LETTER, // [128] 0x80
	INVALID_LETTER, // [129] 0x81
	INVALID_LETTER, // [130] 0x82
	INVALID_LETTER, // [131] 0x83
	INVALID_LETTER, // [132] 0x84
	INVALID_LETTER, // [133] 0x85
	INVALID_LETTER, // [134] 0x86
	INVALID_LETTER, // [135] 0x87
	INVALID_LETTER, // [136] 0x88
	INVALID_LETTER, // [137] 0x89
	INVALID_LETTER, // [138] 0x8a
	INVALID_LETTER, // [139] 0x8b
	INVALID_LETTER, // [140] 0x8c
	INVALID_LETTER, // [141] 0x8d
	INVALID_LETTER, // [142] 0x8e
	INVALID_LETTER, // [143] 0x8f
	INVALID_LETTER, // [144] 0x90
	INVALID_LETTER, // [145] 0x91
	INVALID_LETTER, // [146] 0x92
	INVALID_LETTER, // [147] 0x93
	INVALID_LETTER, // [148] 0x94
	INVALID_LETTER, // [149] 0x95
	INVALID_LETTER, // [150] 0x96
	INVALID_LETTER, // [151] 0x97
	INVALID_LETTER, // [152] 0x98
	INVALID_LETTER, // [153] 0x99
	INVALID_LETTER, // [154] 0x9a
	INVALID_LETTER, // [155] 0x9b
	INVALID_LETTER, // [156] 0x9c
	INVALID_LETTER, // [157] 0x9d
	INVALID_LETTER, // [158] 0x9e
	INVALID_LETTER, // [159] 0x9f
	INVALID_LETTER, // [160] 0xa0
	INVALID_LETTER, // [161] 0xa1
	INVALID_LETTER, // [162] 0xa2
	INVALID_LETTER, // [163] 0xa3
	INVALID_LETTER, // [164] 0xa4
	INVALID_LETTER, // [165] 0xa5
	INVALID_LETTER, // [166] 0xa6
	INVALID_LETTER, // [167] 0xa7
	INVALID_LETTER, // [168] 0xa8
	INVALID_LETTER, // [169] 0xa9
	INVALID_LETTER, // [170] 0xaa
	INVALID_LETTER, // [171] 0xab
	INVALID_LETTER, // [172] 0xac
	INVALID_LETTER, // [173] 0xad
	INVALID_LETTER, // [174] 0xae
	INVALID_LETTER, // [175] 0xaf
	INVALID_LETTER, // [176] 0xb0
	INVALID_LETTER, // [177] 0xb1
	INVALID_LETTER, // [178] 0xb2
	INVALID_LETTER, // [179] 0xb3
	INVALID_LETTER, // [180] 0xb4
	INVALID_LETTER, // [181] 0xb5
	INVALID_LETTER, // [182] 0xb6
	INVALID_LETTER, // [183] 0xb7
	INVALID_LETTER, // [184] 0xb8
	INVALID_LETTER, // [185] 0xb9
	INVALID_LETTER, // [186] 0xba
	INVALID_LETTER, // [187] 0xbb
	INVALID_LETTER, // [188] 0xbc
	INVALID_LETTER, // [189] 0xbd
	INVALID_LETTER, // [190] 0xbe
	INVALID_LETTER, // [191] 0xbf
	INVALID_LETTER, // [192] 0xc0
	INVALID_LETTER, // [193] 0xc1
	INVALID_LETTER, // [194] 0xc2
	INVALID_LETTER, // [195] 0xc3
	INVALID_LETTER, // [196] 0xc4
	INVALID_LETTER, // [197] 0xc5
	INVALID_LETTER, // [198] 0xc6
	INVALID_LETTER, // [199] 0xc7
	INVALID_LETTER, // [200] 0xc8
	INVALID_LETTER, // [201] 0xc9
	INVALID_LETTER, // [202] 0xca
	INVALID_LETTER, // [203] 0xcb
	INVALID_LETTER, // [204] 0xcc
	INVALID_LETTER, // [205] 0xcd
	INVALID_LETTER, // [206] 0xce
	INVALID_LETTER, // [207] 0xcf
	INVALID_LETTER, // [208] 0xd0
	INVALID_LETTER, // [209] 0xd1
	INVALID_LETTER, // [210] 0xd2
	INVALID_LETTER, // [211] 0xd3
	INVALID_LETTER, // [212] 0xd4
	INVALID_LETTER, // [213] 0xd5
	INVALID_LETTER, // [214] 0xd6
	INVALID_LETTER, // [215] 0xd7
	INVALID_LETTER, // [216] 0xd8
	INVALID_LETTER, // [217] 0xd9
	INVALID_LETTER, // [218] 0xda
	INVALID_LETTER, // [219] 0xdb
	INVALID_LETTER, // [220] 0xdc
	INVALID_LETTER, // [221] 0xdd
	INVALID_LETTER, // [222] 0xde
	INVALID_LETTER, // [223] 0xdf
	INVALID_LETTER, // [224] 0xe0
	INVALID_LETTER, // [225] 0xe1
	INVALID_LETTER, // [226] 0xe2
	INVALID_LETTER, // [227] 0xe3
	INVALID_LETTER, // [228] 0xe4
	INVALID_LETTER, // [229] 0xe5
	INVALID_LETTER, // [230] 0xe6
	INVALID_LETTER, // [231] 0xe7
	INVALID_LETTER, // [232] 0xe8
	INVALID_LETTER, // [233] 0xe9
	INVALID_LETTER, // [234] 0xea
	INVALID_LETTER, // [235] 0xeb
	INVALID_LETTER, // [236] 0xec
	INVALID_LETTER, // [237] 0xed
	INVALID_LETTER, // [238] 0xee
	INVALID_LETTER, // [239] 0xef
	INVALID_LETTER, // [240] 0xf0
	INVALID_LETTER, // [241] 0xf1
	INVALID_LETTER, // [242] 0xf2
	INVALID_LETTER, // [243] 0xf3
	INVALID_LETTER, // [244] 0xf4
	INVALID_LETTER, // [245] 0xf5
	INVALID_LETTER, // [246] 0xf6
	INVALID_LETTER, // [247] 0xf7
	INVALID_LETTER, // [248] 0xf8
	INVALID_LETTER, // [249] 0xf9
	INVALID_LETTER, // [250] 0xfa
	INVALID_LETTER, // [251] 0xfb
	INVALID_LETTER, // [252] 0xfc
	INVALID_LETTER, // [253] 0xfd
	INVALID_LETTER, // [254] 0xfe
	INVALID_LETTER, // [255] 0xff
	};
unsigned char g_CharToLetterAminoGap[256] =
	{
	INVALID_LETTER, // [  0] 0x00
	INVALID_LETTER, // [  1] 0x01
	INVALID_LETTER, // [  2] 0x02
	INVALID_LETTER, // [  3] 0x03
	INVALID_LETTER, // [  4] 0x04
	INVALID_LETTER, // [  5] 0x05
	INVALID_LETTER, // [  6] 0x06
	INVALID_LETTER, // [  7] 0x07
	INVALID_LETTER, // [  8] 0x08
	INVALID_LETTER, // [  9] 0x09
	INVALID_LETTER, // [ 10] 0x0a
	INVALID_LETTER, // [ 11] 0x0b
	INVALID_LETTER, // [ 12] 0x0c
	INVALID_LETTER, // [ 13] 0x0d
	INVALID_LETTER, // [ 14] 0x0e
	INVALID_LETTER, // [ 15] 0x0f
	INVALID_LETTER, // [ 16] 0x10
	INVALID_LETTER, // [ 17] 0x11
	INVALID_LETTER, // [ 18] 0x12
	INVALID_LETTER, // [ 19] 0x13
	INVALID_LETTER, // [ 20] 0x14
	INVALID_LETTER, // [ 21] 0x15
	INVALID_LETTER, // [ 22] 0x16
	INVALID_LETTER, // [ 23] 0x17
	INVALID_LETTER, // [ 24] 0x18
	INVALID_LETTER, // [ 25] 0x19
	INVALID_LETTER, // [ 26] 0x1a
	INVALID_LETTER, // [ 27] 0x1b
	INVALID_LETTER, // [ 28] 0x1c
	INVALID_LETTER, // [ 29] 0x1d
	INVALID_LETTER, // [ 30] 0x1e
	INVALID_LETTER, // [ 31] 0x1f
	INVALID_LETTER, // [ 32] ' '
	INVALID_LETTER, // [ 33] '!'
	INVALID_LETTER, // [ 34] '"'
	INVALID_LETTER, // [ 35] '#'
	INVALID_LETTER, // [ 36] '$'
	INVALID_LETTER, // [ 37] '%'
	INVALID_LETTER, // [ 38] '&'
	INVALID_LETTER, // [ 39] '''
	INVALID_LETTER, // [ 40] '('
	INVALID_LETTER, // [ 41] ')'
	20 ,            // [ 42] '*' = STP
	INVALID_LETTER, // [ 43] '+'
	INVALID_LETTER, // [ 44] ','
	20 ,            // [ 45] '-' gap
	INVALID_LETTER, // [ 46] '.'
	INVALID_LETTER, // [ 47] '/'
	INVALID_LETTER, // [ 48] '0'
	INVALID_LETTER, // [ 49] '1'
	INVALID_LETTER, // [ 50] '2'
	INVALID_LETTER, // [ 51] '3'
	INVALID_LETTER, // [ 52] '4'
	INVALID_LETTER, // [ 53] '5'
	INVALID_LETTER, // [ 54] '6'
	INVALID_LETTER, // [ 55] '7'
	INVALID_LETTER, // [ 56] '8'
	INVALID_LETTER, // [ 57] '9'
	INVALID_LETTER, // [ 58] ':'
	INVALID_LETTER, // [ 59] ';'
	INVALID_LETTER, // [ 60] '<'
	INVALID_LETTER, // [ 61] '='
	INVALID_LETTER, // [ 62] '>'
	INVALID_LETTER, // [ 63] '?'
	INVALID_LETTER, // [ 64] '@'
	0  ,            // [ 65] 'A' = Ala
	INVALID_LETTER, // [ 66] 'B'
	1  ,            // [ 67] 'C' = Cys
	2  ,            // [ 68] 'D' = Asp
	3  ,            // [ 69] 'E' = Glu
	4  ,            // [ 70] 'F' = Phe
	5  ,            // [ 71] 'G' = Gly
	6  ,            // [ 72] 'H' = His
	7  ,            // [ 73] 'I' = Ile
	INVALID_LETTER, // [ 74] 'J'
	8  ,            // [ 75] 'K' = Lys
	9  ,            // [ 76] 'L' = Leu
	10 ,            // [ 77] 'M' = Met
	11 ,            // [ 78] 'N' = Asn
	INVALID_LETTER, // [ 79] 'O'
	12 ,            // [ 80] 'P' = Pro
	13 ,            // [ 81] 'Q' = Gln
	14 ,            // [ 82] 'R' = Arg
	15 ,            // [ 83] 'S' = Ser
	16 ,            // [ 84] 'T' = Thr
	INVALID_LETTER, // [ 85] 'U'
	17 ,            // [ 86] 'V' = Val
	18 ,            // [ 87] 'W' = Trp
	INVALID_LETTER, // [ 88] 'X'
	19 ,            // [ 89] 'Y' = Tyr
	INVALID_LETTER, // [ 90] 'Z'
	INVALID_LETTER, // [ 91] '['
	INVALID_LETTER, // [ 92] '\'
	INVALID_LETTER, // [ 93] ']'
	INVALID_LETTER, // [ 94] '^'
	INVALID_LETTER, // [ 95] '_'
	INVALID_LETTER, // [ 96] '`'
	0  ,            // [ 97] 'a' = Ala
	INVALID_LETTER, // [ 98] 'b'
	1  ,            // [ 99] 'c' = Cys
	2  ,            // [100] 'd' = Asp
	3  ,            // [101] 'e' = Glu
	4  ,            // [102] 'f' = Phe
	5  ,            // [103] 'g' = Gly
	6  ,            // [104] 'h' = His
	7  ,            // [105] 'i' = Ile
	INVALID_LETTER, // [106] 'j'
	8  ,            // [107] 'k' = Lys
	9  ,            // [108] 'l' = Leu
	10 ,            // [109] 'm' = Met
	11 ,            // [110] 'n' = Asn
	INVALID_LETTER, // [111] 'o'
	12 ,            // [112] 'p' = Pro
	13 ,            // [113] 'q' = Gln
	14 ,            // [114] 'r' = Arg
	15 ,            // [115] 's' = Ser
	16 ,            // [116] 't' = Thr
	INVALID_LETTER, // [117] 'u'
	17 ,            // [118] 'v' = Val
	18 ,            // [119] 'w' = Trp
	INVALID_LETTER, // [120] 'x'
	19 ,            // [121] 'y' = Tyr
	INVALID_LETTER, // [122] 'z'
	INVALID_LETTER, // [123] '{'
	INVALID_LETTER, // [124] '|'
	INVALID_LETTER, // [125] '}'
	INVALID_LETTER, // [126] '~'
	INVALID_LETTER, // [127] 0x7f
	INVALID_LETTER, // [128] 0x80
	INVALID_LETTER, // [129] 0x81
	INVALID_LETTER, // [130] 0x82
	INVALID_LETTER, // [131] 0x83
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	INVALID_LETTER, // [133] 0x85
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	INVALID_LETTER, // [135] 0x87
	INVALID_LETTER, // [136] 0x88
	INVALID_LETTER, // [137] 0x89
	INVALID_LETTER, // [138] 0x8a
	INVALID_LETTER, // [139] 0x8b
	INVALID_LETTER, // [140] 0x8c
	INVALID_LETTER, // [141] 0x8d
	INVALID_LETTER, // [142] 0x8e
	INVALID_LETTER, // [143] 0x8f
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	INVALID_LETTER, // [145] 0x91
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	{
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	INVALID_LETTER, // [ 61] '='
	INVALID_LETTER, // [ 62] '>'
	INVALID_LETTER, // [ 63] '?'
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	0  ,            // [ 65] 'A' = Ala
	INVALID_LETTER, // [ 66] 'B'
	1  ,            // [ 67] 'C' = Cys
	2  ,            // [ 68] 'D' = Asp
	3  ,            // [ 69] 'E' = Glu
	4  ,            // [ 70] 'F' = Phe
	5  ,            // [ 71] 'G' = Gly
	6  ,            // [ 72] 'H' = His
	7  ,            // [ 73] 'I' = Ile
	INVALID_LETTER, // [ 74] 'J'
	8  ,            // [ 75] 'K' = Lys
	9  ,            // [ 76] 'L' = Leu
	10 ,            // [ 77] 'M' = Met
	11 ,            // [ 78] 'N' = Asn
	INVALID_LETTER, // [ 79] 'O'
	12 ,            // [ 80] 'P' = Pro
	13 ,            // [ 81] 'Q' = Gln
	14 ,            // [ 82] 'R' = Arg
	15 ,            // [ 83] 'S' = Ser
	16 ,            // [ 84] 'T' = Thr
	INVALID_LETTER, // [ 85] 'U'
	17 ,            // [ 86] 'V' = Val
	18 ,            // [ 87] 'W' = Trp
	INVALID_LETTER, // [ 88] 'X'
	19 ,            // [ 89] 'Y' = Tyr
	INVALID_LETTER, // [ 90] 'Z'
	INVALID_LETTER, // [ 91] '['
	INVALID_LETTER, // [ 92] '\'
	INVALID_LETTER, // [ 93] ']'
	INVALID_LETTER, // [ 94] '^'
	INVALID_LETTER, // [ 95] '_'
	INVALID_LETTER, // [ 96] '`'
	0  ,            // [ 97] 'a' = Ala
	INVALID_LETTER, // [ 98] 'b'
	1  ,            // [ 99] 'c' = Cys
	2  ,            // [100] 'd' = Asp
	3  ,            // [101] 'e' = Glu
	4  ,            // [102] 'f' = Phe
	5  ,            // [103] 'g' = Gly
	6  ,            // [104] 'h' = His
	7  ,            // [105] 'i' = Ile
	INVALID_LETTER, // [106] 'j'
	8  ,            // [107] 'k' = Lys
	9  ,            // [108] 'l' = Leu
	10 ,            // [109] 'm' = Met
	11 ,            // [110] 'n' = Asn
	INVALID_LETTER, // [111] 'o'
	12 ,            // [112] 'p' = Pro
	13 ,            // [113] 'q' = Gln
	14 ,            // [114] 'r' = Arg
	15 ,            // [115] 's' = Ser
	16 ,            // [116] 't' = Thr
	INVALID_LETTER, // [117] 'u'
	17 ,            // [118] 'v' = Val
	18 ,            // [119] 'w' = Trp
	INVALID_LETTER, // [120] 'x'
	19 ,            // [121] 'y' = Tyr
	INVALID_LETTER, // [122] 'z'
	INVALID_LETTER, // [123] '{'
	INVALID_LETTER, // [124] '|'
	INVALID_LETTER, // [125] '}'
	INVALID_LETTER, // [126] '~'
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	};

unsigned char g_LetterToCharAmino[256] =
	{
	'A', // [0] 
	'C', // [1] 
	'D', // [2] 
	'E', // [3] 
	'F', // [4] 
	'G', // [5] 
	'H', // [6] 
	'I', // [7] 
	'K', // [8] 
	'L', // [9] 
	'M', // [10] 
	'N', // [11] 
	'P', // [12] 
	'Q', // [13] 
	'R', // [14] 
	'S', // [15] 
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	'V', // [17] 
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	};

unsigned char g_LetterToCharAminoGap[256] =
	{
	'A', // [0] 
	'C', // [1] 
	'D', // [2] 
	'E', // [3] 
	'F', // [4] 
	'G', // [5] 
	'H', // [6] 
	'I', // [7] 
	'K', // [8] 
	'L', // [9] 
	'M', // [10] 
	'N', // [11] 
	'P', // [12] 
	'Q', // [13] 
	'R', // [14] 
	'S', // [15] 
	'T', // [16] 
	'V', // [17] 
	'W', // [18] 
	'Y', // [19] 
	INVALID_CHAR, // [20]
	'-', // [20] 
	INVALID_CHAR, // [22]
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	INVALID_CHAR, // [206]
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	INVALID_CHAR, // [208]
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	INVALID_CHAR, // [255]
	};

unsigned char g_CharToLetterNucleo[256] =
	{
	INVALID_LETTER, // [  0] = 0x00
	INVALID_LETTER, // [  1] = 0x01
	INVALID_LETTER, // [  2] = 0x02
	INVALID_LETTER, // [  3] = 0x03
	INVALID_LETTER, // [  4] = 0x04
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	INVALID_LETTER, // [ 16] = 0x10
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	INVALID_LETTER, // [ 20] = 0x14
	INVALID_LETTER, // [ 21] = 0x15
	INVALID_LETTER, // [ 22] = 0x16
	INVALID_LETTER, // [ 23] = 0x17
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	INVALID_LETTER, // [ 25] = 0x19
	INVALID_LETTER, // [ 26] = 0x1a
	INVALID_LETTER, // [ 27] = 0x1b
	INVALID_LETTER, // [ 28] = 0x1c
	INVALID_LETTER, // [ 29] = 0x1d
	INVALID_LETTER, // [ 30] = 0x1e
	INVALID_LETTER, // [ 31] = 0x1f
	INVALID_LETTER, // [ 32] = 32
	INVALID_LETTER, // [ 33] = 33
	INVALID_LETTER, // [ 34] = 34
	INVALID_LETTER, // [ 35] = 35
	INVALID_LETTER, // [ 36] = 36
	INVALID_LETTER, // [ 37] = 37
	INVALID_LETTER, // [ 38] = 38
	INVALID_LETTER, // [ 39] = 39
	INVALID_LETTER, // [ 40] = 40
	INVALID_LETTER, // [ 41] = 41
	INVALID_LETTER, // [ 42] = 42
	INVALID_LETTER, // [ 43] = 43
	INVALID_LETTER, // [ 44] = 44
	INVALID_LETTER, // [ 45] = 45
	INVALID_LETTER, // [ 46] = 46
	INVALID_LETTER, // [ 47] = 47
	INVALID_LETTER, // [ 48] = 48
	INVALID_LETTER, // [ 49] = 49
	INVALID_LETTER, // [ 50] = 50
	INVALID_LETTER, // [ 51] = 51
	INVALID_LETTER, // [ 52] = 52
	INVALID_LETTER, // [ 53] = 53
	INVALID_LETTER, // [ 54] = 54
	INVALID_LETTER, // [ 55] = 55
	INVALID_LETTER, // [ 56] = 56
	INVALID_LETTER, // [ 57] = 57
	INVALID_LETTER, // [ 58] = 58
	INVALID_LETTER, // [ 59] = 59
	INVALID_LETTER, // [ 60] = 60
	INVALID_LETTER, // [ 61] = 61
	INVALID_LETTER, // [ 62] = 62
	INVALID_LETTER, // [ 63] = 63
	INVALID_LETTER, // [ 64] = 64
	0  ,            // [ 65] = A (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [ 66] = 66
	1  ,            // [ 67] = C (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [ 68] = 68
	INVALID_LETTER, // [ 69] = 69
	INVALID_LETTER, // [ 70] = 70
	2  ,            // [ 71] = G (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [ 72] = 72
	INVALID_LETTER, // [ 73] = 73
	INVALID_LETTER, // [ 74] = 74
	INVALID_LETTER, // [ 75] = 75
	INVALID_LETTER, // [ 76] = 76
	INVALID_LETTER, // [ 77] = 77
	INVALID_LETTER, // [ 78] = 78
	INVALID_LETTER, // [ 79] = 79
	INVALID_LETTER, // [ 80] = 80
	INVALID_LETTER, // [ 81] = 81
	INVALID_LETTER, // [ 82] = 82
	INVALID_LETTER, // [ 83] = 83
	3  ,            // [ 84] = T (Nucleotide)
	3  ,            // [ 85] = U (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [ 86] = 86
	INVALID_LETTER, // [ 87] = 87
	INVALID_LETTER, // [ 88] = 88
	INVALID_LETTER, // [ 89] = 89
	INVALID_LETTER, // [ 90] = 90
	INVALID_LETTER, // [ 91] = 91
	INVALID_LETTER, // [ 92] = 92
	INVALID_LETTER, // [ 93] = 93
	INVALID_LETTER, // [ 94] = 94
	INVALID_LETTER, // [ 95] = 95
	INVALID_LETTER, // [ 96] = 96
	0  ,            // [ 97] = a (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [ 98] = 98
	1  ,            // [ 99] = c (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [100] = 100
	INVALID_LETTER, // [101] = 101
	INVALID_LETTER, // [102] = 102
	2  ,            // [103] = g (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [104] = 104
	INVALID_LETTER, // [105] = 105
	INVALID_LETTER, // [106] = 106
	INVALID_LETTER, // [107] = 107
	INVALID_LETTER, // [108] = 108
	INVALID_LETTER, // [109] = 109
	INVALID_LETTER, // [110] = 110
	INVALID_LETTER, // [111] = 111
	INVALID_LETTER, // [112] = 112
	INVALID_LETTER, // [113] = 113
	INVALID_LETTER, // [114] = 114
	INVALID_LETTER, // [115] = 115
	3  ,            // [116] = t (Nucleotide)
	3  ,            // [117] = u (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [118] = 118
	INVALID_LETTER, // [119] = 119
	INVALID_LETTER, // [120] = 120
	INVALID_LETTER, // [121] = 121
	INVALID_LETTER, // [122] = 122
	INVALID_LETTER, // [123] = 123
	INVALID_LETTER, // [124] = 124
	INVALID_LETTER, // [125] = 125
	INVALID_LETTER, // [126] = 126
	INVALID_LETTER, // [127] = 0x7f
	INVALID_LETTER, // [128] = 0x80
	INVALID_LETTER, // [129] = 0x81
	INVALID_LETTER, // [130] = 0x82
	INVALID_LETTER, // [131] = 0x83
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	};

unsigned char g_CharToLetterNucleoGap[256] =
	{
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	4  ,            // [ 45] = - (gap)
	INVALID_LETTER, // [ 46] = 46
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	INVALID_LETTER, // [ 60] = 60
	INVALID_LETTER, // [ 61] = 61
	INVALID_LETTER, // [ 62] = 62
	INVALID_LETTER, // [ 63] = 63
	INVALID_LETTER, // [ 64] = 64
	0  ,            // [ 65] = A (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [ 66] = 66
	1  ,            // [ 67] = C (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [ 68] = 68
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	INVALID_LETTER, // [ 70] = 70
	2  ,            // [ 71] = G (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [ 72] = 72
	INVALID_LETTER, // [ 73] = 73
	INVALID_LETTER, // [ 74] = 74
	INVALID_LETTER, // [ 75] = 75
	INVALID_LETTER, // [ 76] = 76
	INVALID_LETTER, // [ 77] = 77
	INVALID_LETTER, // [ 78] = 78
	INVALID_LETTER, // [ 79] = 79
	INVALID_LETTER, // [ 80] = 80
	INVALID_LETTER, // [ 81] = 81
	INVALID_LETTER, // [ 82] = 82
	INVALID_LETTER, // [ 83] = 83
	3  ,            // [ 84] = T (Nucleotide)
	3  ,            // [ 85] = U (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [ 86] = 86
	INVALID_LETTER, // [ 87] = 87
	INVALID_LETTER, // [ 88] = 88
	INVALID_LETTER, // [ 89] = 89
	INVALID_LETTER, // [ 90] = 90
	INVALID_LETTER, // [ 91] = 91
	INVALID_LETTER, // [ 92] = 92
	INVALID_LETTER, // [ 93] = 93
	INVALID_LETTER, // [ 94] = 94
	INVALID_LETTER, // [ 95] = 95
	INVALID_LETTER, // [ 96] = 96
	0  ,            // [ 97] = a (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [ 98] = 98
	1  ,            // [ 99] = c (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [100] = 100
	INVALID_LETTER, // [101] = 101
	INVALID_LETTER, // [102] = 102
	2  ,            // [103] = g (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [104] = 104
	INVALID_LETTER, // [105] = 105
	INVALID_LETTER, // [106] = 106
	INVALID_LETTER, // [107] = 107
	INVALID_LETTER, // [108] = 108
	INVALID_LETTER, // [109] = 109
	INVALID_LETTER, // [110] = 110
	INVALID_LETTER, // [111] = 111
	INVALID_LETTER, // [112] = 112
	INVALID_LETTER, // [113] = 113
	INVALID_LETTER, // [114] = 114
	INVALID_LETTER, // [115] = 115
	3  ,            // [116] = t (Nucleotide)
	3  ,            // [117] = u (Nucleotide)
	INVALID_LETTER, // [118] = 118
	INVALID_LETTER, // [119] = 119
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	INVALID_LETTER, // [121] = 121
	INVALID_LETTER, // [122] = 122
	INVALID_LETTER, // [123] = 123
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	};

unsigned char g_CharToLetterNucleoMasked[256] =
	{
	INVALID_LETTER, // [  0] = 0x00
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	2  ,            // [ 71] = G (Nucleotide)
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	3  ,            // [ 84] = T (Nucleotide)
	3  ,            // [ 85] = U (Nucleotide)
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	};

unsigned char g_CharToLetterNucleoW[256] =
	{
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	1  ,            // [ 67] = C (Nucleotide)
	0  ,            // [ 68] = D (Wildcard)
	0  ,            // [ 69] = 69
	0  ,            // [ 70] = 70
	2  ,            // [ 71] = G (Nucleotide)
	0  ,            // [ 72] = H (Wildcard)
	0  ,            // [ 73] = 73
	0  ,            // [ 74] = 74
	2  ,            // [ 75] = K (Wildcard)
	0  ,            // [ 76] = 76
	0  ,            // [ 77] = M (Wildcard)
	2  ,            // [ 78] = N (Wildcard)
	0  ,            // [ 79] = 79
	0  ,            // [ 80] = 80
	0  ,            // [ 81] = 81
	0  ,            // [ 82] = R (Wildcard)
	1  ,            // [ 83] = S (Wildcard)
	3  ,            // [ 84] = T (Nucleotide)
	3  ,            // [ 85] = U (Nucleotide)
	0  ,            // [ 86] = V (Wildcard)
	0  ,            // [ 87] = W (Wildcard)
	2  ,            // [ 88] = X (Wildcard)
	1  ,            // [ 89] = Y (Wildcard)
	0  ,            // [ 90] = 90
	0  ,            // [ 91] = 91
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	0  ,            // [ 94] = 94
	0  ,            // [ 95] = 95
	0  ,            // [ 96] = 96
	0  ,            // [ 97] = a (Nucleotide)
	1  ,            // [ 98] = b (Nucleotide)
	1  ,            // [ 99] = c (Nucleotide)
	0  ,            // [100] = d (Nucleotide)
	0  ,            // [101] = 101
	0  ,            // [102] = 102
	2  ,            // [103] = g (Nucleotide)
	0  ,            // [104] = h (Nucleotide)
	0  ,            // [105] = 105
	0  ,            // [106] = 106
	2  ,            // [107] = k (Nucleotide)
	0  ,            // [108] = 108
	0  ,            // [109] = m (Nucleotide)
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	0  ,            // [113] = 113
	0  ,            // [114] = r (Nucleotide)
	1  ,            // [115] = s (Nucleotide)
	3  ,            // [116] = t (Nucleotide)
	3  ,            // [117] = u (Nucleotide)
	0  ,            // [118] = v (Nucleotide)
	0  ,            // [119] = w (Nucleotide)
	2  ,            // [120] = x (Nucleotide)
	1  ,            // [121] = y (Nucleotide)
	0  ,            // [122] = 122
	0  ,            // [123] = 123
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	0  ,            // [126] = 126
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	};

unsigned char g_LetterToCharNucleo[256] =
	{
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	INVALID_CHAR, // [255]
	};

unsigned char g_LetterToCharNucleoGap[256] =
	{
	'A', // [0]
	'C', // [1]
	'G', // [2]
	'T', // [3]
	'-', // [4]
	INVALID_CHAR, // [5]
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	};

unsigned char g_CodonWordToAminoLetter[4*4*4] =
	{
	8 , // [ 0] = AAA K (Lys)
	11, // [ 1] = AAC N (Asn)
	8 , // [ 2] = AAG K (Lys)
	11, // [ 3] = AAT N (Asn)
	16, // [ 4] = ACA T (Thr)
	16, // [ 5] = ACC T (Thr)
	16, // [ 6] = ACG T (Thr)
	16, // [ 7] = ACT T (Thr)
	14, // [ 8] = AGA R (Arg)
	15, // [ 9] = AGC S (Ser)
	14, // [10] = AGG R (Arg)
	15, // [11] = AGT S (Ser)
	7 , // [12] = ATA I (Ile)
	7 , // [13] = ATC I (Ile)
	10, // [14] = ATG M (Met)
	7 , // [15] = ATT I (Ile)
	13, // [16] = CAA Q (Gln)
	6 , // [17] = CAC H (His)
	13, // [18] = CAG Q (Gln)
	6 , // [19] = CAT H (His)
	12, // [20] = CCA P (Pro)
	12, // [21] = CCC P (Pro)
	12, // [22] = CCG P (Pro)
	12, // [23] = CCT P (Pro)
	14, // [24] = CGA R (Arg)
	14, // [25] = CGC R (Arg)
	14, // [26] = CGG R (Arg)
	14, // [27] = CGT R (Arg)
	9 , // [28] = CTA L (Leu)
	9 , // [29] = CTC L (Leu)
	9 , // [30] = CTG L (Leu)
	9 , // [31] = CTT L (Leu)
	3 , // [32] = GAA E (Glu)
	2 , // [33] = GAC D (Asp)
	3 , // [34] = GAG E (Glu)
	2 , // [35] = GAT D (Asp)
	0 , // [36] = GCA A (Ala)
	0 , // [37] = GCC A (Ala)
	0 , // [38] = GCG A (Ala)
	0 , // [39] = GCT A (Ala)
	5 , // [40] = GGA G (Gly)
	5 , // [41] = GGC G (Gly)
	5 , // [42] = GGG G (Gly)
	5 , // [43] = GGT G (Gly)
	17, // [44] = GTA V (Val)
	17, // [45] = GTC V (Val)
	17, // [46] = GTG V (Val)
	17, // [47] = GTT V (Val)
	20, // [48] = TAA * (STP)
	19, // [49] = TAC Y (Tyr)
	20, // [50] = TAG * (STP)
	19, // [51] = TAT Y (Tyr)
	15, // [52] = TCA S (Ser)
	15, // [53] = TCC S (Ser)
	15, // [54] = TCG S (Ser)
	15, // [55] = TCT S (Ser)
	20, // [56] = TGA * (STP)
	1 , // [57] = TGC C (Cys)
	18, // [58] = TGG W (Trp)
	1 , // [59] = TGT C (Cys)
	9 , // [60] = TTA L (Leu)
	4 , // [61] = TTC F (Phe)
	9 , // [62] = TTG L (Leu)
	4 , // [63] = TTT F (Phe)
	};

unsigned char g_CodonWordToAminoChar[4*4*4] =
	{
	'K', // [ 0] = AAA (Lys)
	'N', // [ 1] = AAC (Asn)
	'K', // [ 2] = AAG (Lys)
	'N', // [ 3] = AAT (Asn)
	'T', // [ 4] = ACA (Thr)
	'T', // [ 5] = ACC (Thr)
	'T', // [ 6] = ACG (Thr)
	'T', // [ 7] = ACT (Thr)
	'R', // [ 8] = AGA (Arg)
	'S', // [ 9] = AGC (Ser)
	'R', // [10] = AGG (Arg)
	'S', // [11] = AGT (Ser)
	'I', // [12] = ATA (Ile)
	'I', // [13] = ATC (Ile)
	'M', // [14] = ATG (Met)
	'I', // [15] = ATT (Ile)
	'Q', // [16] = CAA (Gln)
	'H', // [17] = CAC (His)
	'Q', // [18] = CAG (Gln)
	'H', // [19] = CAT (His)
	'P', // [20] = CCA (Pro)
	'P', // [21] = CCC (Pro)
	'P', // [22] = CCG (Pro)
	'P', // [23] = CCT (Pro)
	'R', // [24] = CGA (Arg)
	'R', // [25] = CGC (Arg)
	'R', // [26] = CGG (Arg)
	'R', // [27] = CGT (Arg)
	'L', // [28] = CTA (Leu)
	'L', // [29] = CTC (Leu)
	'L', // [30] = CTG (Leu)
	'L', // [31] = CTT (Leu)
	'E', // [32] = GAA (Glu)
	'D', // [33] = GAC (Asp)
	'E', // [34] = GAG (Glu)
	'D', // [35] = GAT (Asp)
	'A', // [36] = GCA (Ala)
	'A', // [37] = GCC (Ala)
	'A', // [38] = GCG (Ala)
	'A', // [39] = GCT (Ala)
	'G', // [40] = GGA (Gly)
	'G', // [41] = GGC (Gly)
	'G', // [42] = GGG (Gly)
	'G', // [43] = GGT (Gly)
	'V', // [44] = GTA (Val)
	'V', // [45] = GTC (Val)
	'V', // [46] = GTG (Val)
	'V', // [47] = GTT (Val)
	'*', // [48] = TAA (STP)
	'Y', // [49] = TAC (Tyr)
	'*', // [50] = TAG (STP)
	'Y', // [51] = TAT (Tyr)
	'S', // [52] = TCA (Ser)
	'S', // [53] = TCC (Ser)
	'S', // [54] = TCG (Ser)
	'S', // [55] = TCT (Ser)
	'*', // [56] = TGA (STP)
	'C', // [57] = TGC (Cys)
	'W', // [58] = TGG (Trp)
	'C', // [59] = TGT (Cys)
	'L', // [60] = TTA (Leu)
	'F', // [61] = TTC (Phe)
	'L', // [62] = TTG (Leu)
	'F', // [63] = TTT (Phe)
	};

unsigned char g_CharToCompChar[256] =
	{
	'?',          // [  0] 0x00 invalid nt
	'?',          // [  1] 0x01 invalid nt
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	'?',          // [ 49] 0x31 invalid nt
	'?',          // [ 50] 0x32 invalid nt
	'?',          // [ 51] 0x33 invalid nt
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	'?',          // [ 60] 0x3c invalid nt
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	'?',          // [ 62] 0x3e invalid nt
	'?',          // [ 63] 0x3f invalid nt
	'?',          // [ 64] 0x40 invalid nt
	'T',          // [ 65] A -> T
	'V',          // [ 66] B -> V
	'G',          // [ 67] C -> G
	'H',          // [ 68] D -> H
	'?',          // [ 69] E invalid nt
	'?',          // [ 70] F invalid nt
	'C',          // [ 71] G -> C
	'D',          // [ 72] H -> D
	'?',          // [ 73] I invalid nt
	'?',          // [ 74] J invalid nt
	'M',          // [ 75] K -> M
	'?',          // [ 76] L invalid nt
	'K',          // [ 77] M -> K
	'N',          // [ 78] N -> N
	'?',          // [ 79] O invalid nt
	'?',          // [ 80] P invalid nt
	'?',          // [ 81] Q invalid nt
	'Y',          // [ 82] R -> Y
	'S',          // [ 83] S -> S
	'A',          // [ 84] T -> A
	'A',          // [ 85] U -> A
	'B',          // [ 86] V -> B
	'W',          // [ 87] W -> W
	'X',          // [ 88] X -> X
	'R',          // [ 89] Y -> R
	'?',          // [ 90] Z invalid nt
	'?',          // [ 91] 0x5b invalid nt
	'?',          // [ 92] 0x5c invalid nt
	'?',          // [ 93] 0x5d invalid nt
	'?',          // [ 94] 0x5e invalid nt
	'?',          // [ 95] 0x5f invalid nt
	'?',          // [ 96] 0x60 invalid nt
	't',          // [ 97] a -> t
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	'g',          // [ 99] c -> g
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	'?',          // [101] e invalid nt
	'?',          // [102] f invalid nt
	'c',          // [103] g -> c
	'd',          // [104] h -> d
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	'?',          // [106] j invalid nt
	'm',          // [107] k -> m
	'?',          // [108] l invalid nt
	'k',          // [109] m -> k
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	'?',          // [111] o invalid nt
	'?',          // [112] p invalid nt
	'?',          // [113] q invalid nt
	'y',          // [114] r -> y
	's',          // [115] s -> s
	'a',          // [116] t -> a
	'?',          // [117] u invalid nt
	'b',          // [118] v -> b
	'w',          // [119] w -> w
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};

unsigned char g_CharToCompLetter[256] =
	{
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	INVALID_LETTER, // [ 56]
	INVALID_LETTER, // [ 57]
	INVALID_LETTER, // [ 58]
	INVALID_LETTER, // [ 59]
	INVALID_LETTER, // [ 60]
	INVALID_LETTER, // [ 61]
	INVALID_LETTER, // [ 62]
	INVALID_LETTER, // [ 63]
	INVALID_LETTER, // [ 64]
	3,              // [ 65] A -> T
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	1,              // [ 71] G -> C
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	INVALID_LETTER, // [ 83] S -> S
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	3,              // [ 97] a -> t
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	2,              // [ 99] c -> g
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	1,              // [103] g -> c
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	0,              // [116] t -> a
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};

bool g_IsSeqChar[256] =
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	false, // [ 33] '!'
	false, // [ 34] '"'
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	false, // [ 37] '%'
	false, // [ 38] '&'
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	false, // [ 41] ')'
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	false, // [ 59] ';'
	false, // [ 60] '<'
	false, // [ 61] '='
	false, // [ 62] '>'
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bool g_IsAminoChar[256] =
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	false, // [ 33] '!'
	false, // [ 34] '"'
	false, // [ 35] '#'
	false, // [ 36] '$'
	false, // [ 37] '%'
	false, // [ 38] '&'
	false, // [ 39] '''
	false, // [ 40] '('
	false, // [ 41] ')'
	true,  // [ 42] '*' = STP
	false, // [ 43] '+'
	false, // [ 44] ','
	false, // [ 45] '-'
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	false, // [ 59] ';'
	false, // [ 60] '<'
	false, // [ 61] '='
	false, // [ 62] '>'
	false, // [ 63] '?'
	false, // [ 64] '@'
	true,  // [ 65] 'A' = Ala
	false, // [ 66] 'B'
	true,  // [ 67] 'C' = Cys
	true,  // [ 68] 'D' = Asp
	true,  // [ 69] 'E' = Glu
	true,  // [ 70] 'F' = Phe
	true,  // [ 71] 'G' = Gly
	true,  // [ 72] 'H' = His
	true,  // [ 73] 'I' = Ile
	false, // [ 74] 'J'
	true,  // [ 75] 'K' = Lys
	true,  // [ 76] 'L' = Leu
	true,  // [ 77] 'M' = Met
	true,  // [ 78] 'N' = Asn
	false, // [ 79] 'O'
	true,  // [ 80] 'P' = Pro
	true,  // [ 81] 'Q' = Gln
	true,  // [ 82] 'R' = Arg
	true,  // [ 83] 'S' = Ser
	true,  // [ 84] 'T' = Thr
	false, // [ 85] 'U'
	true,  // [ 86] 'V' = Val
	true,  // [ 87] 'W' = Trp
	false, // [ 88] 'X'
	true,  // [ 89] 'Y' = Tyr
	false, // [ 90] 'Z'
	false, // [ 91] '['
	false, // [ 92] '\'
	false, // [ 93] ']'
	false, // [ 94] '^'
	false, // [ 95] '_'
	false, // [ 96] '`'
	true,  // [ 97] 'A' = Ala
	false, // [ 98] 'B'
	true,  // [ 99] 'C' = Cys
	true,  // [100] 'D' = Asp
	true,  // [101] 'E' = Glu
	true,  // [102] 'F' = Phe
	true,  // [103] 'G' = Gly
	true,  // [104] 'H' = His
	true,  // [105] 'I' = Ile
	false, // [106] 'J'
	true,  // [107] 'K' = Lys
	true,  // [108] 'L' = Leu
	true,  // [109] 'M' = Met
	true,  // [110] 'N' = Asn
	false, // [111] 'O'
	true,  // [112] 'P' = Pro
	true,  // [113] 'Q' = Gln
	true,  // [114] 'R' = Arg
	true,  // [115] 'S' = Ser
	true,  // [116] 'T' = Thr
	false, // [117] 'U'
	true,  // [118] 'V' = Val
	true,  // [119] 'W' = Trp
	false, // [120] 'X'
	true,  // [121] 'Y' = Tyr
	false, // [122] 'Z'
	false, // [123] '{'
	false, // [124] '|'
	false, // [125] '}'
	false, // [126] '~'
	false, // [127] 0x7f
	false, // [128] 0x80
	false, // [129] 0x81
	false, // [130] 0x82
	false, // [131] 0x83
	false, // [132] 0x84
	false, // [133] 0x85
	false, // [134] 0x86
	false, // [135] 0x87
	false, // [136] 0x88
	false, // [137] 0x89
	false, // [138] 0x8a
	false, // [139] 0x8b
	false, // [140] 0x8c
	false, // [141] 0x8d
	false, // [142] 0x8e
	false, // [143] 0x8f
	false, // [144] 0x90
	false, // [145] 0x91
	false, // [146] 0x92
	false, // [147] 0x93
	false, // [148] 0x94
	false, // [149] 0x95
	false, // [150] 0x96
	false, // [151] 0x97
	false, // [152] 0x98
	false, // [153] 0x99
	false, // [154] 0x9a
	false, // [155] 0x9b
	false, // [156] 0x9c
	false, // [157] 0x9d
	false, // [158] 0x9e
	false, // [159] 0x9f
	false, // [160] 0xa0
	false, // [161] 0xa1
	false, // [162] 0xa2
	false, // [163] 0xa3
	false, // [164] 0xa4
	false, // [165] 0xa5
	false, // [166] 0xa6
	false, // [167] 0xa7
	false, // [168] 0xa8
	false, // [169] 0xa9
	false, // [170] 0xaa
	false, // [171] 0xab
	false, // [172] 0xac
	false, // [173] 0xad
	false, // [174] 0xae
	false, // [175] 0xaf
	false, // [176] 0xb0
	false, // [177] 0xb1
	false, // [178] 0xb2
	false, // [179] 0xb3
	false, // [180] 0xb4
	false, // [181] 0xb5
	false, // [182] 0xb6
	false, // [183] 0xb7
	false, // [184] 0xb8
	false, // [185] 0xb9
	false, // [186] 0xba
	false, // [187] 0xbb
	false, // [188] 0xbc
	false, // [189] 0xbd
	false, // [190] 0xbe
	false, // [191] 0xbf
	false, // [192] 0xc0
	false, // [193] 0xc1
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	false, // [195] 0xc3
	false, // [196] 0xc4
	false, // [197] 0xc5
	false, // [198] 0xc6
	false, // [199] 0xc7
	false, // [200] 0xc8
	false, // [201] 0xc9
	false, // [202] 0xca
	false, // [203] 0xcb
	false, // [204] 0xcc
	false, // [205] 0xcd
	false, // [206] 0xce
	false, // [207] 0xcf
	false, // [208] 0xd0
	false, // [209] 0xd1
	false, // [210] 0xd2
	false, // [211] 0xd3
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	false, // [213] 0xd5
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	false, // [215] 0xd7
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	false, // [217] 0xd9
	false, // [218] 0xda
	false, // [219] 0xdb
	false, // [220] 0xdc
	false, // [221] 0xdd
	false, // [222] 0xde
	false, // [223] 0xdf
	false, // [224] 0xe0
	false, // [225] 0xe1
	false, // [226] 0xe2
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	false, // [228] 0xe4
	false, // [229] 0xe5
	false, // [230] 0xe6
	false, // [231] 0xe7
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	false, // [234] 0xea
	false, // [235] 0xeb
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	false, // [237] 0xed
	false, // [238] 0xee
	false, // [239] 0xef
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	false, // [246] 0xf6
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	false, // [249] 0xf9
	false, // [250] 0xfa
	false, // [251] 0xfb
	false, // [252] 0xfc
	false, // [253] 0xfd
	false, // [254] 0xfe
	false, // [255] 0xff
	};

bool g_IsNucleoChar[256] =
	{
	false, // [  0] 0x00
	false, // [  1] 0x01
	false, // [  2] 0x02
	false, // [  3] 0x03
	false, // [  4] 0x04
	false, // [  5] 0x05
	false, // [  6] 0x06
	false, // [  7] 0x07
	false, // [  8] 0x08
	false, // [  9] 0x09
	false, // [ 10] 0x0a
	false, // [ 11] 0x0b
	false, // [ 12] 0x0c
	false, // [ 13] 0x0d
	false, // [ 14] 0x0e
	false, // [ 15] 0x0f
	false, // [ 16] 0x10
	false, // [ 17] 0x11
	false, // [ 18] 0x12
	false, // [ 19] 0x13
	false, // [ 20] 0x14
	false, // [ 21] 0x15
	false, // [ 22] 0x16
	false, // [ 23] 0x17
	false, // [ 24] 0x18
	false, // [ 25] 0x19
	false, // [ 26] 0x1a
	false, // [ 27] 0x1b
	false, // [ 28] 0x1c
	false, // [ 29] 0x1d
	false, // [ 30] 0x1e
	false, // [ 31] 0x1f
	false, // [ 32] ' '
	false, // [ 33] '!'
	false, // [ 34] '"'
	false, // [ 35] '#'
	false, // [ 36] '$'
	false, // [ 37] '%'
	false, // [ 38] '&'
	false, // [ 39] '''
	false, // [ 40] '('
	false, // [ 41] ')'
	false, // [ 42] '*'
	false, // [ 43] '+'
	false, // [ 44] ','
	false, // [ 45] '-'
	false, // [ 46] '.'
	false, // [ 47] '/'
	false, // [ 48] '0'
	false, // [ 49] '1'
	false, // [ 50] '2'
	false, // [ 51] '3'
	false, // [ 52] '4'
	false, // [ 53] '5'
	false, // [ 54] '6'
	false, // [ 55] '7'
	false, // [ 56] '8'
	false, // [ 57] '9'
	false, // [ 58] ':'
	false, // [ 59] ';'
	false, // [ 60] '<'
	false, // [ 61] '='
	false, // [ 62] '>'
	false, // [ 63] '?'
	false, // [ 64] '@'
	true,  // [ 65] 'A' (Nucleotide)
	false, // [ 66] 'B'
	true,  // [ 67] 'C' (Nucleotide)
	false, // [ 68] 'D'
	false, // [ 69] 'E'
	false, // [ 70] 'F'
	true,  // [ 71] 'G' (Nucleotide)
	false, // [ 72] 'H'
	false, // [ 73] 'I'
	false, // [ 74] 'J'
	false, // [ 75] 'K'
	false, // [ 76] 'L'
	false, // [ 77] 'M'
	true,  // [ 78] 'N' (Nucleotide)
	false, // [ 79] 'O'
	false, // [ 80] 'P'
	false, // [ 81] 'Q'
	false, // [ 82] 'R'
	false, // [ 83] 'S'
	true,  // [ 84] 'T' (Nucleotide)
	true,  // [ 85] 'U' (Nucleotide)
	false, // [ 86] 'V'
	false, // [ 87] 'W'
	false, // [ 88] 'X'
	false, // [ 89] 'Y'
	false, // [ 90] 'Z'
	false, // [ 91] '['
	false, // [ 92] '\'
	false, // [ 93] ']'
	false, // [ 94] '^'
	false, // [ 95] '_'
	false, // [ 96] '`'
	true,  // [ 97] 'A' (Nucleotide)
	false, // [ 98] 'B'
	true,  // [ 99] 'C' (Nucleotide)
	false, // [100] 'D'
	false, // [101] 'E'
	false, // [102] 'F'
	true,  // [103] 'G' (Nucleotide)
	false, // [104] 'H'
	false, // [105] 'I'
	false, // [106] 'J'
	false, // [107] 'K'
	false, // [108] 'L'
	false, // [109] 'M'
	true,  // [110] 'N' (Nucleotide)
	false, // [111] 'O'
	false, // [112] 'P'
	false, // [113] 'Q'
	false, // [114] 'R'
	false, // [115] 'S'
	true,  // [116] 'T' (Nucleotide)
	true,  // [117] 'U' (Nucleotide)
	false, // [118] 'V'
	false, // [119] 'W'
	false, // [120] 'X'
	false, // [121] 'Y'
	false, // [122] 'Z'
	false, // [123] '{'
	false, // [124] '|'
	false, // [125] '}'
	false, // [126] '~'
	false, // [127] 0x7f
	false, // [128] 0x80
	false, // [129] 0x81
	false, // [130] 0x82
	false, // [131] 0x83
	false, // [132] 0x84
	false, // [133] 0x85
	false, // [134] 0x86
	false, // [135] 0x87
	false, // [136] 0x88
	false, // [137] 0x89
	false, // [138] 0x8a
	false, // [139] 0x8b
	false, // [140] 0x8c
	false, // [141] 0x8d
	false, // [142] 0x8e
	false, // [143] 0x8f
	false, // [144] 0x90
	false, // [145] 0x91
	false, // [146] 0x92
	false, // [147] 0x93
	false, // [148] 0x94
	false, // [149] 0x95
	false, // [150] 0x96
	false, // [151] 0x97
	false, // [152] 0x98
	false, // [153] 0x99
	false, // [154] 0x9a
	false, // [155] 0x9b
	false, // [156] 0x9c
	false, // [157] 0x9d
	false, // [158] 0x9e
	false, // [159] 0x9f
	false, // [160] 0xa0
	false, // [161] 0xa1
	false, // [162] 0xa2
	false, // [163] 0xa3
	false, // [164] 0xa4
	false, // [165] 0xa5
	false, // [166] 0xa6
	false, // [167] 0xa7
	false, // [168] 0xa8
	false, // [169] 0xa9
	false, // [170] 0xaa
	false, // [171] 0xab
	false, // [172] 0xac
	false, // [173] 0xad
	false, // [174] 0xae
	false, // [175] 0xaf
	false, // [176] 0xb0
	false, // [177] 0xb1
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	false, // [179] 0xb3
	false, // [180] 0xb4
	false, // [181] 0xb5
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	false, // [185] 0xb9
	false, // [186] 0xba
	false, // [187] 0xbb
	false, // [188] 0xbc
	false, // [189] 0xbd
	false, // [190] 0xbe
	false, // [191] 0xbf
	false, // [192] 0xc0
	false, // [193] 0xc1
	false, // [194] 0xc2
	false, // [195] 0xc3
	false, // [196] 0xc4
	false, // [197] 0xc5
	false, // [198] 0xc6
	false, // [199] 0xc7
	false, // [200] 0xc8
	false, // [201] 0xc9
	false, // [202] 0xca
	false, // [203] 0xcb
	false, // [204] 0xcc
	false, // [205] 0xcd
	false, // [206] 0xce
	false, // [207] 0xcf
	false, // [208] 0xd0
	false, // [209] 0xd1
	false, // [210] 0xd2
	false, // [211] 0xd3
	false, // [212] 0xd4
	false, // [213] 0xd5
	false, // [214] 0xd6
	false, // [215] 0xd7
	false, // [216] 0xd8
	false, // [217] 0xd9
	false, // [218] 0xda
	false, // [219] 0xdb
	false, // [220] 0xdc
	false, // [221] 0xdd
	false, // [222] 0xde
	false, // [223] 0xdf
	false, // [224] 0xe0
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	false, // [229] 0xe5
	false, // [230] 0xe6
	false, // [231] 0xe7
	false, // [232] 0xe8
	false, // [233] 0xe9
	false, // [234] 0xea
	false, // [235] 0xeb
	false, // [236] 0xec
	false, // [237] 0xed
	false, // [238] 0xee
	false, // [239] 0xef
	false, // [240] 0xf0
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	false, // [248] 0xf8
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	false, // [250] 0xfa
	false, // [251] 0xfb
	false, // [252] 0xfc
	false, // [253] 0xfd
	false, // [254] 0xfe
	false, // [255] 0xff
	};

bool g_IsACGTU[256] =
	{
	false, // [  0] 0x00
	false, // [  1] 0x01
	false, // [  2] 0x02
	false, // [  3] 0x03
	false, // [  4] 0x04
	false, // [  5] 0x05
	false, // [  6] 0x06
	false, // [  7] 0x07
	false, // [  8] 0x08
	false, // [  9] 0x09
	false, // [ 10] 0x0a
	false, // [ 11] 0x0b
	false, // [ 12] 0x0c
	false, // [ 13] 0x0d
	false, // [ 14] 0x0e
	false, // [ 15] 0x0f
	false, // [ 16] 0x10
	false, // [ 17] 0x11
	false, // [ 18] 0x12
	false, // [ 19] 0x13
	false, // [ 20] 0x14
	false, // [ 21] 0x15
	false, // [ 22] 0x16
	false, // [ 23] 0x17
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	false, // [ 25] 0x19
	false, // [ 26] 0x1a
	false, // [ 27] 0x1b
	false, // [ 28] 0x1c
	false, // [ 29] 0x1d
	false, // [ 30] 0x1e
	false, // [ 31] 0x1f
	false, // [ 32] ' '
	false, // [ 33] '!'
	false, // [ 34] '"'
	false, // [ 35] '#'
	false, // [ 36] '$'
	false, // [ 37] '%'
	false, // [ 38] '&'
	false, // [ 39] '''
	false, // [ 40] '('
	false, // [ 41] ')'
	false, // [ 42] '*'
	false, // [ 43] '+'
	false, // [ 44] ','
	false, // [ 45] '-'
	false, // [ 46] '.'
	false, // [ 47] '/'
	false, // [ 48] '0'
	false, // [ 49] '1'
	false, // [ 50] '2'
	false, // [ 51] '3'
	false, // [ 52] '4'
	false, // [ 53] '5'
	false, // [ 54] '6'
	false, // [ 55] '7'
	false, // [ 56] '8'
	false, // [ 57] '9'
	false, // [ 58] ':'
	false, // [ 59] ';'
	false, // [ 60] '<'
	false, // [ 61] '='
	false, // [ 62] '>'
	false, // [ 63] '?'
	false, // [ 64] '@'
	true,  // [ 65] 'A' (ACGT)
	false, // [ 66] 'B'
	true,  // [ 67] 'C' (ACGT)
	false, // [ 68] 'D'
	false, // [ 69] 'E'
	false, // [ 70] 'F'
	true,  // [ 71] 'G' (ACGT)
	false, // [ 72] 'H'
	false, // [ 73] 'I'
	false, // [ 74] 'J'
	false, // [ 75] 'K'
	false, // [ 76] 'L'
	false, // [ 77] 'M'
	false, // [ 78] 'N'
	false, // [ 79] 'O'
	false, // [ 80] 'P'
	false, // [ 81] 'Q'
	false, // [ 82] 'R'
	false, // [ 83] 'S'
	true,  // [ 84] 'T' (ACGT)
	true,  // [ 85] 'U' (ACGT)
	false, // [ 86] 'V'
	false, // [ 87] 'W'
	false, // [ 88] 'X'
	false, // [ 89] 'Y'
	false, // [ 90] 'Z'
	false, // [ 91] '['
	false, // [ 92] '\'
	false, // [ 93] ']'
	false, // [ 94] '^'
	false, // [ 95] '_'
	false, // [ 96] '`'
	true,  // [ 97] 'A' (ACGT)
	false, // [ 98] 'B'
	true,  // [ 99] 'C' (ACGT)
	false, // [100] 'D'
	false, // [101] 'E'
	false, // [102] 'F'
	true,  // [103] 'G' (ACGT)
	false, // [104] 'H'
	false, // [105] 'I'
	false, // [106] 'J'
	false, // [107] 'K'
	false, // [108] 'L'
	false, // [109] 'M'
	false, // [110] 'N'
	false, // [111] 'O'
	false, // [112] 'P'
	false, // [113] 'Q'
	false, // [114] 'R'
	false, // [115] 'S'
	true,  // [116] 'T' (ACGT)
	true,  // [117] 'U' (ACGT)
	false, // [118] 'V'
	false, // [119] 'W'
	false, // [120] 'X'
	false, // [121] 'Y'
	false, // [122] 'Z'
	false, // [123] '{'
	false, // [124] '|'
	false, // [125] '}'
	false, // [126] '~'
	false, // [127] 0x7f
	false, // [128] 0x80
	false, // [129] 0x81
	false, // [130] 0x82
	false, // [131] 0x83
	false, // [132] 0x84
	false, // [133] 0x85
	false, // [134] 0x86
	false, // [135] 0x87
	false, // [136] 0x88
	false, // [137] 0x89
	false, // [138] 0x8a
	false, // [139] 0x8b
	false, // [140] 0x8c
	false, // [141] 0x8d
	false, // [142] 0x8e
	false, // [143] 0x8f
	false, // [144] 0x90
	false, // [145] 0x91
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	false, // [163] 0xa3
	false, // [164] 0xa4
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	false, // [236] 0xec
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	false, // [239] 0xef
	false, // [240] 0xf0
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	false, // [252] 0xfc
	false, // [253] 0xfd
	false, // [254] 0xfe
	false, // [255] 0xff
	};

float g_AminoFreqs[20] =
	{
	0.0777f, // 'A' = Ala
	0.0161f, // 'C' = Cys
	0.0527f, // 'D' = Asp
	0.0631f, // 'E' = Glu
	0.0417f, // 'F' = Phe
	0.0718f, // 'G' = Gly
	0.0238f, // 'H' = His
	0.0606f, // 'I' = Ile
	0.0601f, // 'K' = Lys
	0.0906f, // 'L' = Leu
	0.0233f, // 'M' = Met
	0.0439f, // 'N' = Asn
	0.0456f, // 'P' = Pro
	0.0368f, // 'Q' = Gln
	0.0526f, // 'R' = Arg
	0.0639f, // 'S' = Ser
	0.0570f, // 'T' = Thr
	0.0712f, // 'V' = Val
	0.0134f, // 'W' = Trp
	0.0339f, // 'Y' = Tyr
	};