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ELSES history
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2016/11/19
ELSES v0.06.04 Released (elses-v0.06.04-20161119-XXXXXXX-rel.zip)
(commit番号後日追加)
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日付 2016/11/19(commit番号後日追加) 'ELSES v0.06.04 / Update the update log (ELSES_history.txt)'
担当者名 星健夫
更新ファイル
ELSES_history.txt
概要：
supercell maker用のsample fileを追加。
説明：
(commit番号後日追加)
Date: Nov 19, 2016
'ELSES v0.06.04 / Update the update log (ELSES_history.txt)
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日付 2016/09/29(a93278b) 'Add a sample file for the supercell maker (mk_supercell_xyz.f90)'
担当者名 星健夫
新規ファイル
tool/experimental/mk_supercell_xyz/CNT_w_cell_info.xyz
概要：
supercell maker用のsample fileを追加。
説明：
実験的ツール
tool/experimental/mk_supercell_xyz/mk_supercell_xyz.f90
用のsample fileを追加。
(注：mk_supercell_xyz.f90は、ELSES make時には、compileされない)
詳細メモ：
single-wall CNT(1本鎖,周期系)のsupercellを作るときにつかう。
(Ref: 更新記録2013/04/02)
使い方の例：z方向(CNTの軸方向) 112倍に伸ばしたsupercellを作りたい時。
tool/experimental/mk_supercell_xyz/で、以下を行う
(1) mk_supercell_xyz.f90をcompileする。例：
$ gfortran mk_supercell_xyz.f90
(2) 下記コマンドを実行
$ ./a.out -nx=1 -ny=1 -nz=112 -filename_input=CNT_w_cell_info.xyz
-filename_output=CNT_sucercell.xyz -comment=CNT_supercell_1_1_112
下記が標準出力ででる。
@@@ mk_supecell_xyz.f90 (build 20160215)
NOTE: This code uses GET_COMMAND_ARGUMENT defined in Fortran2003
@@@ Read the paramters from the argument
INFO:supercell sizes = 1 1 112
INFO:filename input = CNT_w_cell_info.xyz
INFO:filename output = CNT_sucercell.xyz
INFO:comment line = CNT_supercell_1_1_112
@@@ Input file : structure_org.xyz
--> N = 100
--> ax,ay,az [A] = 10.0000000000 10.0000000000
12.2900000000
@@@ Output file : structure_new.xyz
--> N = 11200
--> ax,ay,az [A] = 10.0000000000 10.0000000000
1376.4800000000
@@@ Generate the output file
.... mk_supecell_xyz.f90 (build 20160215) ended without error
注：できあがったCNT supercell系(CNT_sucercell.xyz)の冒頭は下記：
11200 10.0000000000 10.0000000000 1376.4800000000
CNT_supercell_1_1_112
C -1.37999999999999989342 3.10000000000000008882
-4.91000000000000014211
C -0.69999999999999995559 3.31999999999999984013
-3.68000000000000015987
C -3.37000000000000010658 -0.34999999999999997780
-4.91000000000000014211
C -3.37000000000000010658 0.34999999999999997780
-3.68000000000000015987
メモ：
追加ファイル
CNT_w_cell_info.xyz
は、100原子のcell infoつきxyzファイル。
冒頭分は下記：
100 10.0d0 10.0d0 12.29d0
CNT
C -1.38 3.10 -4.91
C -0.70 3.32 -3.68
C -3.37 -0.35 -4.91
C -3.37 0.35 -3.68
C -2.94 1.70 -3.68
cell infoが付いていることをのぞけば、
sample/sample_non_geno/CNT100atom_dyn/CNT.xyz
と同じファイル。
Git での更新：
commit a93278b
Date: Sep 29, 2016
'Add a sample file for the supercell maker (mk_supercell_xyz.f90)'
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日付 2016/09/29(a93278b)
担当者名 星健夫
新規ファイル
tool/experimental/mk_supercell_xyz/CNT_w_cell_info.xyz
概要：
supercell maker用のsample fileを追加。
説明：
実験的ツール
tool/experimental/mk_supercell_xyz/mk_supercell_xyz.f90
用のsample fileを追加。
(注：mk_supercell_xyz.f90は、ELSES make時には、compileされない)
詳細メモ：
single-wall CNT(1本鎖,周期系)のsupercellを作るときにつかう。
(Ref: 更新記録2013/04/02)
使い方の例：z方向(CNTの軸方向) 112倍に伸ばしたsupercellを作りたい時。
tool/experimental/mk_supercell_xyz/で、以下を行う
(1) mk_supercell_xyz.f90をcompileする。例：
$ gfortran mk_supercell_xyz.f90
(2) 下記コマンドを実行
$ ./a.out -nx=1 -ny=1 -nz=112 -filename_input=CNT_w_cell_info.xyz
-filename_output=CNT_sucercell.xyz -comment=CNT_supercell_1_1_112
下記が標準出力ででる。
@@@ mk_supecell_xyz.f90 (build 20160215)
NOTE: This code uses GET_COMMAND_ARGUMENT defined in Fortran2003
@@@ Read the paramters from the argument
INFO:supercell sizes = 1 1 112
INFO:filename input = CNT_w_cell_info.xyz
INFO:filename output = CNT_sucercell.xyz
INFO:comment line = CNT_supercell_1_1_112
@@@ Input file : structure_org.xyz
--> N = 100
--> ax,ay,az [A] = 10.0000000000 10.0000000000
12.2900000000
@@@ Output file : structure_new.xyz
--> N = 11200
--> ax,ay,az [A] = 10.0000000000 10.0000000000
1376.4800000000
@@@ Generate the output file
.... mk_supecell_xyz.f90 (build 20160215) ended without error
注：できあがったCNT supercell系(CNT_sucercell.xyz)の冒頭は下記：
11200 10.0000000000 10.0000000000 1376.4800000000
CNT_supercell_1_1_112
C -1.37999999999999989342 3.10000000000000008882
-4.91000000000000014211
C -0.69999999999999995559 3.31999999999999984013
-3.68000000000000015987
C -3.37000000000000010658 -0.34999999999999997780
-4.91000000000000014211
C -3.37000000000000010658 0.34999999999999997780
-3.68000000000000015987
メモ：
追加ファイル
CNT_w_cell_info.xyz
は、100原子のcell infoつきxyzファイル。
冒頭分は下記：
100 10.0d0 10.0d0 12.29d0
CNT
C -1.38 3.10 -4.91
C -0.70 3.32 -3.68
C -3.37 -0.35 -4.91
C -3.37 0.35 -3.68
C -2.94 1.70 -3.68
cell infoが付いていることをのぞけば、
sample/sample_non_geno/CNT100atom_dyn/CNT.xyz
と同じファイル。
Git での更新：
commit a93278b
Date: Sep 29, 2016
'Add a sample file for the supercell maker (mk_supercell_xyz.f90)'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/09/29(e0d77be)
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-ini-load-geno.f90
概要：
restart tagについてのエラー検出ルーチンを追加。
説明：
設定XMLファイルのoutput/restartタグは、
他のoutput関連タグ(output/positionなど)を使うときには必須なので、
これに違反している場合にエラーで止まるようにした。
例：positionタグがあるのにrestartタグがない場合。
ERROR:Incompatible XML setting:The restart tag is requied for the position
tag
というエラーがでてabortする。
Git での更新：
commit e0d77be
Date: Sep 29, 2016
'Error checking routine with the restart tag'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/09/29(cc1b879)
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-md-output.f90
src/elses-qm-output-atom-charge.f90
src/elses-qm-solver-gkrylov-dst.f90
概要：
atom chargeのファイル出力の更新
説明：
DST workflowかつgKrylov利用の場合にも、
atom charge file出力ができるようになった。
詳細：
atom_chargeタグの使い方は、更新[09/25](be85533)を参照。
ただし、DST workflowかつgKrylov利用の場合、
interaction範囲内の原子数は出力されない(dummy値「-1」になる)。
メモ：
DST workflowかつgKrylov利用において、以下の2点がポイント：
(1) gKrylov solverにおいて、
if (config%output%atom_charge%set) calc_charge = .true.
(elses-qm-solver-gkrylov-dst.f90)
を追加。つまり、atom_chargeタグがあるときには、
chargeを(配列として)生成する(MDには不要だが)。
(2) atom chargeの出力は、10万原子未満のときに限っている。
（原理的にはもっと大きくても良いが、メモリを食う恐れがあるので、制限をつけている）
この値は、以下で設定できる：
integer, parameter :: num_atom_for_small_output=100000
(elses-md-output.f90)
Git での更新：
commit cc1b879
Date: Sep 29, 2016
'Update the file output for atom charge in DST workflow and gKrylov'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/09/25(be85533)
担当者名 星健夫
更新ファイル
sample/sample_geno/C6H6_opt/config.xml
src/elses-md-output.f90
src/elses-qm-output-atom-charge.f90
src/elses-xml-config.f90
概要：
atom chargeのファイル出力の更新
説明：
atom charge(atomごとのマリケンチャージ)の出力方法の詳細を更新
設定XMLファイルのoutputタグ内に、下記を書く：
<atom_charge filename="output_atom_charge.txt" mode="last" />
使用例として、以下に記載：
sample/sample_geno/C6H6_opt/config.xml
詳細：
atom_chargeタグで可能な属性の一覧
filename：ファイル名(必須)
mode："first"(最初のiteration), "last"(最後のiteration),
"periodic(定期)", "default"(="last")
interval：出力するiteration interval
(毎iterationごとに出力したいときは、1、に設定）
Git での更新：
commit be85533
Date: Sep 26, 2016
'Update the file output for atom charge'
--------------------------------------------------------------------------------
***************************************************
2016/09/18
ELSES v0.06.03 Released (elses-v0.06.03-20160902-0cc29dd-rel.zip)
Note: identical to RC2
***************************************************
--------------------------------------------------------------------------------
更新記録 2016/09/18(eeeb77a)
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-ini-load-common.f90
概要
matrix generation modeでの微修正
Git での更新：
commit 59942a1
Date: Sep 11, 2016
'Tiny modification on the matrix generation mode'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
更新記録 2016/09/11(59942a1)
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-ini-load-common.f90
概要
matrix generation modeでの微修正
Git での更新：
commit 59942a1
Date: Sep 11, 2016
'Tiny modification on the matrix generation mode'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/09/18(eeeb77a)
担当者名 星健夫
更新ファイル
Makefile
src/elses-00-version-info.f90
バージョン番号更新(v0.06.03→v0.06.04)
Git での更新：
commit eeeb77a
Date: Sep 18, 2016
'Update the version number (v0.06.03 --> v0.06.04)'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
新記録 2016/09/11(59942a1)
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-ini-load-common.f90
概要
matrix generation modeでの微修正
Git での更新：
commit 59942a1
Date: Sep 11, 2016
'Tiny modification on the matrix generation mode'
--------------------------------------------------------------------------------
***************************************************
2016/09/02
ELSES v0.06.03 Release Candidate 2
elses-v0.06.03-201600902-0cc29dd-rc.tgz
***************************************************--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/09/02(0cc29dd)
担当者名 星健夫
更新ファイル
ELSES_history.txt
概要
ELSES v0.06.03RC2 / Update the update log (ELSES_history.txt).
Git での更新：
commit 0cc29dd
Date: Sep 02, 2016
'ELSES v0.06.03RC2 / Update the update log (ELSES_history.txt)'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
更新記録 [2016/09/01](40b1b91)
担当者名 井町宏人
更新ファイル：
src/elses-qm-geno-output.f90
src/elses-qm-output-participation.f90
概要：
eigen_mpi ソルバーにおいて output_participation.txt の出力が正しく行われるようにした。
詳細：
『ELSES更新[09/01] eigen_mpi ソルバーにおける output_wavefunction 出力の修正』
(commit 0e86f3d) と同様の、eigen_mpi ソルバーで固有ベクトルが分散行列形式で保持されていることへの対応。
ただし、output_participation.txt出力の条件判定に使われていた変数i_verboseの値が
rootノードとそれ以外で一貫しておらず、デッドロックの原因になっていたため、
この条件判定自体を一時的にコメントアウトしてある：
src/elses-qm-geno-output.f90 l.176
!if (i_verbose >= 1) then ! Comment out because i_verbose is not global and distributed operation fails.
Git での更新：
commit 40b1b91
Date: Sep 1, 2016
'Support output of participation ratios in eigen_mpi solver'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
更新記録 [2016/09/01](487dbd5)
担当者名 星健夫
更新ファイル：
src/elses-config.f90
src/elses-xml-config.f90
src/elses-qm-output-basis-info.f90
概要：
basis informationの書き出し機能の強化。
解説(update)：
使い方は、設定XMLファイルのoutputタグ内に書く。例：
<basis_info filename="output_basis_information.txt" mode="first"/>
・filename：省略不可。
・mode：「first」「last」「default(=last)」が設定可。省略可。
指定されたファイルにbasis informationを出力する。
ここでいうbasis informationとは、
「output_wavefunctionファイルにおいて、LCAO係数をのぞいたもの」
である。
modeが「first」「last」時には、それぞれ、
最初・最後のiteration時に出力される。
Git での更新：
commit 487dbd5
Date: Sep. 01, 2016
'Enhance file output for basis information'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
更新記録 [2016/09/01](83ad6b1)
担当者名 星健夫
更新ファイル：
src/code_optional/elses-la-eigen-solver-main-dummy.f90
src/elses-la-eigen-solver-main.f90 (上記ファイルのdead copy)
概要：
9/1更新(0e86f3d)への修正。
解説：
9/1更新(0e86f3d)において、
src/code_optional/elses-la-eigen-solver-main-true.f90
が更新されたが、ここで
src/code_optional/elses-la-eigen-solver-main-dummy.f90
もupdateが必要だったが、そうなっていなかったので、修正。
Git での更新：
commit 83ad6b1
Date: Sep. 01, 2016
'Modify for the update at 09/01(0e86f3d) '
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
更新記録 [2016/09/01](0e86f3d)
担当者名 井町宏人
更新ファイル：
src/Makefile.dep
src/code_optional/elses-la-eigen-solver-main-true.f90
src/elses-md-main.f90
src/elses-qm-geno-output.f90
src/elses-qm-output-eigenstates.f90
概要：
eigen_mpi ソルバーにおいて output_wavefunction の出力が正しく行われるようにした。
詳細：
eigen_mpi ソルバーでは、計算した固有ベクトルを分散行列の形で持つため、
分散行列に対応した出力処理を実装する必要があった。
既存の出力処理が実装された src/elses-qm-output-eigenstates.f90 に、
分散行列からベクトル1本ごとにrootノードに集める処理を追加することでこれを実現した。
一度に行列全体を集めないのはメモリ量制限を回避するためである。
また、既存の出力処理ではメインループが書かれた src/elses-md-main.f90 の時点で
rootノードのみで処理を行わせる分岐が存在したが、分散行列を扱う必要上これを外した。
Git での更新：
commit 0e86f3d
Date: Aug 30, 2016
'Support output_wavefunction in eigen_mpi solver'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
更新記録 [2016/09/01](83ad6b1)
担当者名 星健夫
更新ファイル：
src/code_optional/elses-la-eigen-solver-main-dummy.f90
src/elses-la-eigen-solver-main.f90 (上記ファイルのdead copy)
概要：
9/1更新(0e86f3d)への修正。
解説：
9/1更新(0e86f3d)において、
src/code_optional/elses-la-eigen-solver-main-true.f90
が更新されたが、ここで
src/code_optional/elses-la-eigen-solver-main-dummy.f90
もupdateが必要だったが、そうなっていなかったので、修正。
Git での更新：
commit 83ad6b1
Date: Sep. 01, 2016
'Modify for the update at 09/01(0e86f3d) '
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
更新記録 [2016/09/01](41befb0)
担当者名 星健夫
更新ファイル：
src/Makefile.dep
概要：
微修正
(Makefile.dep更新)
Git での更新：
commit 41befb0
Date: Sep. 01, 2016
'Tiny modification (update of src/Makefile.dep)'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
更新記録 [2016/09/01](ea592c5)
担当者名 星健夫
更新ファイル：
src/elses-config.f90
src/elses-xml-config.f90
src/elses-md-output.f90
src/elses-qm-output-basis-info.f90
src/ELSES_history.txt (更新ログを追加しただけ)
概要：
basis informationの書き出し機能の追加。
メモ：
Wavetool(波束解析ツール)での利用を想定。
解説：
使い方は、設定XMLファイルのoutputタグ内に、以下のように書く。
<basis_info filename="output_basis_information.txt" />
(注：ファイル名は任意)。
最終iteration(固定)で、指定されたファイルにbasis informationを出力する。
ここでいうbasis informationとは、
「output_wavefunctionファイルにおいて、LCAO係数をのぞいたもの」
である。
Git での更新：
commit ea592c5
Date: Sep. 01, 2016
'Added: File output for basis information'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
更新記録 [2016/09/01](0e86f3d)
担当者名 井町宏人
更新ファイル：
src/Makefile.dep
src/code_optional/elses-la-eigen-solver-main-true.f90
src/elses-md-main.f90
src/elses-qm-geno-output.f90
src/elses-qm-output-eigenstates.f90
概要：
eigen_mpi ソルバーにおいて output_wavefunction の出力が正しく行われるようにした。
詳細：
eigen_mpi ソルバーでは、計算した固有ベクトルを分散行列の形で持つため、
分散行列に対応した出力処理を実装する必要があった。
既存の出力処理が実装された src/elses-qm-output-eigenstates.f90 に、
分散行列からベクトル1本ごとにrootノードに集める処理を追加することでこれを実現した。
一度に行列全体を集めないのはメモリ量制限を回避するためである。
また、既存の出力処理ではメインループが書かれた src/elses-md-main.f90 の時点で
rootノードのみで処理を行わせる分岐が存在したが、分散行列を扱う必要上これを外した。
Git での更新：
commit 0e86f3d
Date: Aug 30, 2016
'Support output_wavefunction in eigen_mpi solver'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
更新記録 [2016/08/30](532c758)
担当者名 井町宏人
更新ファイル：
Makefile.inc
概要：
ifort と gfortran 向けに、推奨するデバッグオプションを Makefile.inc に追加した。
各オプションの簡単な解説を付す。
GNU Fortran コンパイラのデバッグオプション指定
-O0 -g -Wall -Wno-unused -Wno-unused-dummy-argument -ffpe-trap=invalid,zero,overflow -fbounds-check -fbacktrace -fopenmp
https://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc/Invoking-GCC.html
から説明を引用
-O0: (最適化しない)
-g: Produce debugging information in the operating system's native format.
-Wall: Enables commonly used warning options pertaining to usage that we recommend avoiding and that we believe are easy to avoid.
-Wno-unused, -Wno-unused-dummy-argument: (変数・仮引数の未使用に対する警告をオフ (数が多くて他の警告が見づらくなるため))
-ffpe-trap=list: Specify a list of floating point exception traps to enable.
-fbounds-check: For front ends that support it, generate additional code to check that indices used to access arrays are within the declared range.
-fbacktrace: (バックトレースを生成)
なお、I/O のバッファリングを無効にするには (コンパイル時ではなく) プログラムの実行時に GFORTRAN_UNBUFFERED_ALL=1 をつけます。
Intel Fortran コンパイラのデバッグオプション指定
-g -debug -traceback -assume nobuffered_io -check -ftrapuv -warn all,nounused -qopenmp
https://www.xlsoft.com/jp/products/intel/compilers/manual/14/for/index.htm
から説明を引用
-g: ソースレベルのデバッガーで使用するため、オブジェクト・コードの中にシンボリック・デバッグ情報と行番号を生成します。O2 をオフにして -O0 をデフォルトにします
-traceback: コンパイラーがオブジェクト・ファイルに追加情報を生成するので、シンボリック・スタック・トレースバックが可能になります。
-debug: 詳細なデバッグ情報を生成します。
-assume nobuffered_io: 内部バッファーにあるデータは直ちにディスクから読み込まれるか、ディスクに書き込まれ (フラッシュされ) ます。
-check: すべての check オプションを有効にします。 https://www.xlsoft.com/jp/products/intel/compilers/manual/14/for/GUID-AFB42D1D-FE3D-42CD-B703-9A7AA602ED12.htm
-ftrapuv: エラー検出を行いやすくするように、ローカル変数を異常な値に初期化します。
-warn: https://www.xlsoft.com/jp/products/intel/compilers/manual/14/for/GUID-E2601B5C-430F-4614-9008-DB669E4C97C6.htm
Git での更新：
commit 532c758
Date: Aug 30, 2016
'Add recommended debug options for ifort and gfortran'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
更新記録 [2016/08/30] (829631b)
担当者名 星健夫
更新ファイル：
src/elses-ini-load-common.f90
概要：
微修正
Git での更新：
commit 829631b
Date: Aug 30, 2016
'A small modification on src/elses-ini-load-common.f90'
--------------------------------------------------------------------------------
***************************************************
2016/08/27
ELSES v0.06.03 Release Candidate
elses-v0.06.03-201600827-e992688-rc.tgz
***************************************************
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/08/27(2)
担当者名 星健夫
更新ファイル
ELSES_history.txt
概要
ELSES v0.06.03RC1 / The update log (ELSES_history.txt) was updated.
Git での更新：
commit e992688
Date: Aug 27, 2016
'ELSES v0.06.03RC1 / The update log (ELSES_history.txt) was updated.'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/08/27
担当者名 星健夫
更新ファイル
Makefile
src/elses-00-version-info.f90
概要
バージョン番号更新(v0.06.02→v0.06.03)
Git での更新：
commit 10a317c
Date: Aug 27, 2016
'The version number was updated from v0.06.02 into v0.06.03'
--------------------------------------------------------------------------------
***************************************************
2016/08/26
ELSES v0.06.02 Released (elses-v0.06.01-201600505-rel.tgz)
Note: identical to RC1
***************************************************
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/08/26
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-md-save-restart-xml.f90
概要
restart XML fileへの出力追加。
詳細
restart XML fileに、total number of atomsを出力追加。例：
<total_number_of_atoms> 12 </total_number_of_atoms>
Git での更新：
commit 1fdf85e
Date: Aug 26, 2016
'Add information into the restart XML file'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/08/18
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-ini-set-str-from-vatom.f90
src/elses-md-velocity-dst.f90
src/elses-md-velocity-routines.f90
概要
一部原子固定のダイナミクス計算法の更新。
Git での更新：
commit e990ec6
Date: Aug 18, 2016
'Dynamics mode with fixed atoms was updated'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/08/17(2)
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-xml-compat-check.f90
概要
8/15更新(commit b0ed69)で入ったbugを fix。
Git での更新：
commit def7d79
Date: Aug 17, 2016
'A bug in the commit b0ed69c in Aug 15. 2016 was fixed'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/08/17
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-xml-config.f90
概要
8/15更新(commit b0ed69)で入ったbugを fix。
Git での更新：
commit d9f6c99
Date: Aug 15, 2016
'A bug in the commit b0ed69c in Aug 15. 2016 was fixed'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/08/15
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-config.f90
src/elses-md-save-restart-xml.f90
src/elses-xml-compat-check.f90
src/elses-xml-config.f90
概要
連番XMLファイルよるrestartをサポートした。
使い方：
restart tagに「mode」属性を追加する。
「overwrite」「sequential」「append」が指定できる。
defaultは「overwrite」。
(1) overwrite mode
<restart filename="restart.xml" interval="10" mode="overwrite" />
単一XMLファイル(restart.xml)に上書きされる。
ELSESの入力XMLファイルとして、そのまま使える。
(2) sequential mode
<restart filename="restart.xml" interval="10" mode="sequential" />
連番XMLファイルに記録される。
restart_step00000000.xml
restart_step00000010.xml
restart_step00000020.xml
(以下同様)
ELSESの入力XMLファイルとして、そのまま使える。
(3) append mode
<restart filename="restart.xml" interval="10" mode="append" />
単一XMLファイル(restart.xml)に追記される。
ELSESの入力XMLファイルとして、そのままでは使えない！！！
(詳細は、ELSESノート機能編Sec. 2.6)
注：「append mode」属性は、legacy 属性として、非推奨(廃止予定)。
<restart filename="restart.xml" interval="10" append_mode="on" />
上記(3)のように「mode」属性で指定すべき。
Git での更新：
commit b0ed69c
Date: Aug 15, 2016
'Sequantial XML files are supported for restart'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/08/04(2)
担当者名 星健夫
新規ファイル
tool/plot_eigenstates/src/elses-lib-math-cubic-harmonics.f90
tool/plot_eigenstates/src/elses-lib-sto-radial-func.f90
更新ファイル
tool/plot_eigenstates/src/elses-generate-cubefile.f90
tool/plot_eigenstates/src/Makefile (上記の2つの新規ファイルを追記しただけ)
tool/plot_eigenstates/src/Makefile.dep
概要：
generate-cubeの更新。
詳細：
Irなど、原子番号が大きいものにも対応。
ただし、s,p,d軌道のみ(f以上は非対応)。
メモ：
r=0での０割りを避けるため、
・modified STO radial function : R(r) / r^l
・modified cubic spherical function : r^l Q(x/r, y/r, z/r)
を用意して、両者の積として表現している。
git での更新：
commit 01244e2
Date: Aug 4, 2016
'elses-generate-cube is updated'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/08/04
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-md-save-struct.f90
src/Makefile.dep
概要：
ファイル出力機能の拡張。
詳細：
ファイル出力できる原子種名を増やした。
Irなど、原子番号が大きいものにも対応。
メモ：
古いルーチン
get_atomic_num (elses-md-save-struct.f90)
を新しいルーチン
get_atomic_num [M_lib_element_database] (elses-lib-element-name.f90)
へのwrapperに置き換え。
原子番号86(Rn)まで、対応。
git での更新：
commit 5f4bd0e
Date: Aug 3, 2016
'The function for file output is slightly improved'
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
日付 2016/07/14
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-config.f90
src/elses-xml-config.f90
src/elses-qm-geno-Huckel-atom-parameters.f90
概要：
checking option for element XML fileを追加
詳細：
element XML fileの存在を陽にチェックするoptionを追加できる。
element tag内に「filecheck="on"」という属性を追加すれば良い。
例：
<element name="O" model="geno" filename="O_test.xml" filecheck="on" />
上記で「off」にすると、チェックされない。default設定は「off」
checkがonになっていると、当該ファイル(上記例ではO_test.xml)がない場合は、
以下のメッセージが標準出力にでてabortする
ERROR:element XML file is missing : element name=O
checking optionが有効になっていることは、node logで確認できる：
例えば、DOM parserなら、
INFO-XML-DOM:Optional tag detected : element file check:O
SAX parserなら、
INFO-XML-SAX:Optional tag detected : element file check:O
追記：
チェックのon/offは、elementごとに指定する。
例：
<element name="C" model="geno" filename="C_test.xml" />
<element name="H" model="geno" filename="H_test.xml" filecheck="off"/>
<element name="O" model="geno" filename="O_test.xml" filecheck="on" />
上記の場合、Oのelement fileのみがチェックされる。
C,Hについてはチェックされず、ELSES default parameterが読み込まれる：
その場合、以下のようなmessageが、node logに出力される；
INFO-XML:Load_XML_AtomParameter: *** Warning!!! *** Failed to open data
file C.xml
INFO-XML:Load_XML_AtomParameter: *** Warning!!! *** Failed to open data
file H.xml
git での更新：
commit db8c50e
Date: Jul 14, 2016
'Add the checking option for element XML file'
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日付 2016/07/12
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-qm-dst-domain.f90
概要：
標準出力&node logメッセージの微修正。
機能に違いはなし。
git での更新：
commit fe5d426
Date: Jul 12, 2016
'The messages for log files are slightly modified in
elses-qm-dst-domain.f90'
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日付 2016/06/13
担当者名 井町宏人
更新ファイル
src/elses-config.f90
src/elses-xml-config.f90
src/code_optional/elses-la-eigen-solver-main-true.f90
src/code_optional/elses-qm-wavepacket-main-true.f90
概要：
wavepacketの初期値設定オプション追加への対応。
詳細：
wavepacketの摂動行列の生成方法のうちいくつかでは、
行列が状態ベクトルに依存しないため、複数の状態ベクトルに対する計算を同時に実行できる。
それぞれを独立に実行するよりも大幅に計算時間を削減可能なため、これを実装した。
複数の初期状態ベクトルを、固有状態番号の列挙により指定可能である。
例：
<wave_packet mode="on">
<initialization type="alpha_delta_multiple">
<alpha_delta_multiple_indices> 1790,1795,1797
</alpha_delta_multiple_indices>
</initialization>
git での更新：
commit 2bc53625486c5ec1147d5b901d94e22662035d57
Date: Mon Jun 13 02:20:43 2016 +0900
'Support multiple initial states mode in wavepacket'
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日付 2016/06/13
担当者名 井町宏人
更新ファイル
src/elses-xml-config.f90
src/code_optional/elses-qm-wavepacket-main-true.f90
概要：
wavepacketの行列入れ替え時オプション追加への対応。
詳細：
wavepacketの行列入れ替え部分に、
従来のminimize_lcao_error_matrix_suppressの変種の手法2種
minimize_lcao_error_matrix_suppress_orthogonal (変換行列を最も近い直交行列に修正する)
minimize_lcao_error_matrix_suppress_adaptive (遷移の制限を適応的に行う)
を追加し、これをELSESとの連携において利用可能にした。
git での更新：
commit f1426cf204af732c298d7f869a0015d21c675efa
Date: Mon Jun 13 02:19:43 2016 +0900
'Support two new re-initialization methods with suppressed matrix in
wavepacket'
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日付 2016/06/12
担当者名 井町宏人
更新ファイル
src/elses-la-matvec-dstm-dens.f90
概要：
行列の対称性を利用した行列ベクトル積ルーチンの採用。
詳細：
gKrylov_Aソルバーの行列ベクトル積手法にdensを選択した際、
これまでは実際の行列ベクトル積計算にLAPACKのDGEMVルーチンを使用していたが、
行列が実対称であることから、対称性を利用して高速に計算できるDSYMVに変更した。
git での更新：
commit 1584567eca047d9ea6ff5f4b703b2d9115c8ad2a
Date: Sun Jun 12 20:32:39 2016 +0900
'Use DSYMV instead of DGEMV in dens matvec mode'
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日付 2016/06/12
担当者名 井町宏人
更新ファイル
src/elses-md-motion.f90
概要：
dst_bench_modeの修正の再適用。
詳細：
以下の更新がgit上のリポジトリに反映されていなかった点を修正。
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日付 2016/05/17
担当者名 星健夫
更新ファイル
src/elses-md-motion.f90
概要：
dst_bench_modeの修正。
詳細：
dst_bench_modeでは、
cell_change_only 計算時に座標が更新されないことがある問題を修正。
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