Skip to content

Latest commit

 

History

History
163 lines (123 loc) · 7.21 KB

README.md

File metadata and controls

163 lines (123 loc) · 7.21 KB

biosoftware-list

序列处理

序列比对

List of sequence alignment software

Short-read sequence alignment

微生物组扩增子测序分析

  • qiime2: 微生物组扩增子测序数据综合分析软件
  • usearch: 微生物组扩增子测序数据综合分析软件
  • vsearch: 微生物组扩增子测序数据综合分析软件
  • mothur: 微生物组扩增子测序数据综合分析软件
  • rdptools: 微生物组扩增子测序数据综合分析软件
  • micca: 微生物组扩增子测序数据综合分析软件
  • dada2: 微生物组扩增子测序数据综合分析R包
  • swarm: OTU聚类
  • SPINGO: 物种级别OTU分类
  • MAPseq: 物种分类鉴定
  • dokdo: 微生物组测序下游分析python包
  • phyloseq: 微生物组测序下游分析R包
  • MicrobiotaProcess: 微生物组测序下游分析R包
  • microeco: 微生物组测序下游分析R包
  • MicrobiomeStat: 微生物组测序下游分析R包
  • microbiomeMarker: 微生物组测序下游分析R包
  • MicrobiomeStatPlot: 《微生物组数据分析与可视化实战》

进化分析

宏基因组测序分析

序列组装

GAGE

推荐

物种鉴定

Benchmarking Metagenomics Tools for Taxonomic Classification

几个常用的有:

变异分析

耐药分析

nanopore分析常用软件

官方软件

Data analysis

社区软件

A collection of data analysis tools which have been developed by the Nanopore Community

基因/[宏]基因组注释

分析流程

宏基因组分析

扩增子测序

其他