Genome Identifier - Projeto PCD

Projeto Práticas em Ciências de Dados, Turma 2024

Colaboradores: Enzo Januzzi, Gabriel Viégas e Glauber Nascimento.

Práticas em Ciências de Dados - Prof. Dr. Leandro Lemos

🏁 Projeto concluído 🏁

💡 Descrição

Identificador de aminoácidos de uma sequência de nucleotídeos de DNA ou RNA e plotagem de gráficos quantitativos e qualitativos.

🔨 Funcionalidades do projeto

Genome_identifier - Recebe uma sequência de nucleotídeos, se possui Timina e se é uma fita negativa de RNA. Retorna os aminoácidos correspondentes e os gráficos.

Trancrição: Caso o códon possua Timina, identifique-o e ele será transcrito para Uracila.

Contagem de aminoácidos em uma sequência de nucleotídeos: Através de uma lista com os nucleotídeos escolhidos, o código conta, respeitando os codons de iníciação e de parada, os aminoácidos presentes nessa lista.

Plotagem de gráficos quantitativos: Um gráfico em barras é plotado, com os dados obtidos na contagem de aminoácidos, comparando a quantidade de todos os aminoácidos presentes.

Plotagem de gráficos quantitativos: Um gráfico de pizza é plotado para mostrar a quantidade de aminoácidos com a mesma característica.

🪛 Funcionalidades embutidas

tratamento_str - Recebe como argumento uma string. Retorna sem números, espaços e os caracteres maiúsculos

neg_transcription - Recebe com argumento uma fita de rna negativa. Retona uma positiva

onde_esta_aug - Recebe como argumento uma sequência de nucleotídeos e se DNA = True, ele troca as Timinas por Uracilas. Retorna a sequência de RNA a partir do códon de início AUG.

id_aminoacidos - Recebe uma sequência de códons como argumento. Retorna uma sequência de aminoácidos.

ocorencias_aminoacidos - Recebe uma sequência de aminoácidos. Retorna uma biblioteca com a quantidade de vezes que um aminoácidos apareceu.

grafico_ocorrencias - Recebe o dicionário com as ocorrências de cada aminoácido. Retorna um gráfico interativo com os dados.

📁 Acesso ao projeto

Você pode acessar o código pelo github ou, preferencialmente, baixá-lo.

🛠️ Abrir e rodar o projeto

Depois de baixar o projeto você deve abrí-lo no Jupyter Notebook

📓 Linguagens e programas usados

Python, Jupyter Notebook, Plotly, Matplotlib, Datetime

📖 Referências

1. ALURA. Como escrever um bom README para seu projeto no GitHub. Disponível em: https://www.alura.com.br/artigos/escrever-bom-readme. Acesso em: 11 jun. 2024.

2. ROCKETSEAT. Como fazer um bom README. Disponível em: https://blog.rocketseat.com.br/como-fazer-um-bom-readme/. Acesso em: 11 jun. 2024.

3. PLOTLY Technologies Inc. Python API reference for Plotly. Disponível em: https://plotly.com/python/. Acesso em: 18 jun. 2024.

4. OPENAI. ChatGPT (versão de 18 de junho). Disponível em: https://www.openai.com/chatgpt. Acesso em: 18 jun. 2024.

Autores

Gabriel Viégas Currículo Lattes Linkedin	Glauber Nascimento de Oliveira Currículo Lattes Linkedin	Enzo Januzzi Currículo Lattes Linkedin

Contribuições - Todos os autores construíram o código juntos, quando não coletivamente, atuávamos na revisão do código, e os gráficos também.

Glauber Nascimento escreveu esse documento, revisado por Gabriel Viégas e Enzo Januzzi