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Merge pull request #178 from PnX-SI/develop
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Develop >> Master / Preparation 1.5.1
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camillemonchicourt authored Oct 17, 2018
2 parents 6daed0c + 07e8223 commit 25b4291
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Showing 3 changed files with 69 additions and 16 deletions.
2 changes: 1 addition & 1 deletion VERSION
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@@ -1 +1 @@
1.5.1.dev0
1.5.1
15 changes: 12 additions & 3 deletions docs/changelog.rst
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Expand Up @@ -2,13 +2,21 @@
CHANGELOG
=========

1.5.1 (unreleased)
1.5.2 (unreleased)
------------------

**Corrections**

*

1.5.1 (2018-10-17)
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**Nouveautés**

* Script d'import des médias depuis l'API INPN
* Création d'un manuel d'utilisation dans la documentation (merci @DonovanMaillard)
* Script d'import des médias depuis l'API INPN (``data/scripts/import_inpn_media``)
* Création d'un manuel d'utilisation dans la documentation : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/manuel.html (merci @DonovanMaillard)
* Amélioration de la configuration Apache pour que l'URL de TaxHub sans ``/`` à la fin redirige vers la version avec ``/`` (#125)

**Corrections**

Expand All @@ -18,6 +26,7 @@ CHANGELOG

* Suivez la procédure classique de mise à jour de TaxHub
* Exécutez le script de mise à jour de la BDD TaxHub ``data/update1.5.0to1.5.1.sql``
* Vous pouvez adapter la configuration Apache de TaxHub pour y intégrer les améliorations (https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#configuration-apache)


1.5.0 (2018-09-19)
Expand Down
68 changes: 56 additions & 12 deletions docs/manuel.rst
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -24,40 +24,84 @@ Dans l'onglet Taxref, vous pouvez explorer le référentiel national complet. Vo

.. image :: http://geonature.fr/docs/img/taxhub/2018-10-exploration_taxref.gif
Cet onglet ne comporte donc aucune information propre à votre instance, et ne fait que lire le référentiel taxonomique national tel qu'il est diffusé par le Muséum National d'Histoire Naturelle.


Ajouter une espèce à la liste de ses taxons
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Les outils GeoNature s'appuient sur le référentiel taxonomique national TAXREF. Cependant pour davantage d'efficacité, les outils n'intègrent pas d'office tout le référentiel, mais comportent seulement un "extrait" géré par l'administrateur de l'instance (extrait visible dans l'onglet "Taxons").
Les outils GeoNature s'appuient sur le référentiel taxonomique national TAXREF. Cependant pour davantage d'efficacité, les outils n'intègrent pas d'office tout le référentiel, mais comportent seulement un "extrait" géré par l'administrateur de l'instance (extrait visible dans l'onglet "Taxons"). Cela permet également à l'administrateur de GeoNature d'intégrer à son "propre référentiel" des informations qu'il souhaite attribuer à chacun des taxons de son GeoNature.

Pour ajouter une espèce à la liste des taxons disponibles dans votre instance, vous devez vous connecter avec les droits nécessaires et rechercher l'entité que vous souhaitez dans l'onglet Taxref. Vous devez ensuite l'ajouter à vos taxons (bouton +).

Vous serez alors invité à renseigner ses informations : attributs, listes auxquelles appartient l'espèce, médias. Ces informations sont consultables et modifiables par la suite.
Vous serez alors invité à renseigner ses informations qui sont propre à votre contexte : attributs, listes auxquelles appartient l'espèce, médias. Ces informations sont consultables et modifiables par la suite.

.. image :: http://geonature.fr/docs/img/taxhub/2018-10-ajout_taxon.gif
Le taxon ainsi ajouté sera désormais visible, avec les informations que vous lui avez attribuées, dans l'onlet "taxons" de votre taxhub.


Mettre à jour les informations d'un taxon
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L'une des raisons qui a poussé à utiliser les "taxons" et ne pas s'appuyer directement sur le taxref est de pouvoir "surcoucher" le référentiel national avec des informations taxonomiques propres aux contextes des différents utilisateurs, et propres à leurs besoins respectifs.

Ainsi, les taxons peuvent se voir attribuer un certain nombre d'informations, nommées "attributs", et être classés dans des listes personnalisées, sans lien obligatoire avec la taxonomie.

Afin d'attribuer des informations à un taxon, celui-ci doit être ajouté à la liste des "taxons" de votre instance, comme expliqué précédemment. Vous pourrez alors l'éditer (bouton "crayon" depuis l'onglet taxon ou directement depuis l'onglet taxref), et renseigner les différents attributs qui concernent l'espèce.
De la même manière, vous pourrez intégrer ce taxon à des "listes" personnalisées. Un taxon peut appartenir à plusieurs listes.
Enfin, vous pourrez associer un ou plusieurs médias à un taxon. Ces médias peuvent être des images, des vidéos, des enregistrements sonores, des fichiers pdf etc.


.. image :: http://pole-invertebres.fr/wp-content/uploads/GIF_Taxhub/Edition_taxon.gif
Créer et gérer des listes personnalisées
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GIF GESTION LISTES
TaxHub permet d'organiser les taxons au sein de listes personnalisées. Ces listes peuvent répondre à tous types de besoins : espèces invasives, espèces ciblées par un programme d'étude, espèces saisissables dans un module, espèces jugées douteuses dans la base de données de votre organisme etc. Seules les taxons ajoutés à votre instance (donc disponibles dans l'onglet "taxons") peuvent être ajoutées à des listes.

Pour consulter les listes existantes, vous devez aller dans l'onglet "listes". Vous y verrez et pourrez explorer les listes disponibles (bouton "oeil"), ainsi que les exporter au format csv.

Créer et gérer des blocs et attributs personnalisés
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Avec les droits nécessaires, vous pourrez éditer les informations relatives à vos listes. Vous pourrez également associer à la liste en question de nouvelles entités parmi les taxons de votre instance (bouton "peupler").

GIF ATTRIBUTS 1
GIF ATTRIBUTS 2
IMG ATTRIBUTS 3
Enfin, vous pouvez créer de nouvelles listes en renseignant les informations relatives à celles-ci (id, nom, description, éventuellement règne ou Groupe2 INPN associé, ainsi qu'un éventuel pictogramme). Dans ce cas, seules des espèces du règne ou du groupe pourront peupler la liste en question. Ces restrictions évitent, par exemple, de peupler une liste 'insectes pollinisateurs' avec des taxons qui autres que des insectes.

.. image :: http://pole-invertebres.fr/wp-content/uploads/GIF_Taxhub/Gestion_listes.gif
Mettre à jour les informations d'un taxon
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Une fois la liste créée, vous pourrez la peupler ou l'exporter comme vu précédemment.

TODO GIF EDIT TAXON

Créer et gérer des thèmes et attributs personnalisés
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Afin de mieux répondre à vos besoins et attacher les informations dont vous avez besoin à vos taxons, il est possible de créer de nouveaux attributs et de les organiser en "thèmes". Ces attributs peuvent être organisés en plusieurs thèmes, qu'il est possible d'ordonner.

Par défaut, 4 attributs dans un thème unique (atlas) existent.

.. image :: http://pole-invertebres.fr/wp-content/uploads/GIF_Taxhub/Screenshot_attributs.png
Dans notre exemple, un thème est déjà ajouté avec un attribut pour les listes rouges. Un nouveau sera créé pour intégrer une notion d'actions :

.. image :: http://pole-invertebres.fr/wp-content/uploads/GIF_Taxhub/Ajout_attribut_1.gif
Afin d'ajouter et ordonner des thèmes, il faut créer une nouvelle entrée dans la table "bib_themes" du schéma "taxonomie", dans la base de GeoNature. En créant cette entité, un rang peut être donné au nouveau thème afin de les ordonner dans l'interface.

De la même manière pour de créer un attribut il faut créer une nouvelle entrée dans la table 'bib_attributs', également dans le schéma taxonomie de la base de données géonature. Il est alors possible de définir ses modalités possibles, de l'ordonner et de lui attribuer un thème. Comme pour les listes, les attributs peuvent ou non être limités à un règne ou à un groupe 2 INPN.

.. image :: http://pole-invertebres.fr/wp-content/uploads/GIF_Taxhub/Ajout_attribut_2.gif
Votre application taxhub est désormais dotée de nouveaux attributs !

.. image :: http://pole-invertebres.fr/wp-content/uploads/GIF_Taxhub/Ajout_attribut_3.png
Gérer le contenu de GeoNature-atlas
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TODO GIF ALIM ATLAS
Les informations "statiques" diffusées sur les fiches espèces sont les suivantes :
- Les photos (une photo principale, et des photos)
- Les autres médias : enregistrements sonores, fichiers pdf, vidéos etc
- Les champs description, commentaires, les milieux et la chorologie.

L'ensemble de ces informations sont rattachées à un taxon sous forme de médias et d'attributs. Les informations des fiches espèces sont donc enrichies en éditant les attributs du thème "atlas", et les médias d'un taxon (voir partie : mettre à jour les informations d'un taxon).

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