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docs/basic_training/orientation.pt.md

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+---
+title: Orientação
+description: Como configurar um ambiente de desenvolvimento para executar Nextflow
+---
+
+# Orientação
+
+O ambiente do Gitpod contem dados de teste que serão utilizados nesse treinamento.
+
+!!! note
+
+    Vá [para este link](../envsetup/index.pt.md) se você ainda não configurou seu ambiente no Gitpod.
+
+## Começando
+
+Você irá completar esse módulo na pasta `nf-training/`.
+
+Nessa pasta você irá encontrar vários arquivos de dados (`ggal`, `index`, `meta`...) e também alguns scripts e arquivos de configuração.
+
+```console
+.
+├── data
+│   ├── ggal
+│   │   └── <data files>
+│   ├── index
+│   │   └── <data files>
+│   ├── meta
+│   │   └── <data files>
+│   ├── prots
+│   │   └── <data files>
+│   ├── reads
+│   │   └── <data files>
+│   └── test
+│       └── <data files>
+├── env.yml
+├── hello.nf
+├── hello_py.nf
+├── modules.hello.nf
+├── nextflow.config
+├── script1.nf
+├── script2.nf
+├── script3.nf
+├── script4.nf
+├── script5.nf
+├── script6.nf
+├── script7.nf
+└── snippet.nf
+```
+
+Cada arquivo será utilizado nesse treinamento.
+
+## Escolhendo uma versão do Nextflow
+
+Por padrão, o Nextflow irá trazer a última versão estável para seu ambiente.
+
+No entanto, Nextflow vive em uma evolução constante na medida que melhorias são implementadas.
+
+As últimas versões podem ser conferidas no GitHub, [aqui](https://github.com/nextflow-io/nextflow/releases).
+
+Se você deseja utilizar uma versão específica do Nextflow, você pode configurar a variável `NXF_VER` como mostrado abaixo:
+
+```bash
+export NXF_VER=23.10.1
+```
+
+!!! question "Exercise"
+
+    Abra o [ambiente de treinamento no Gitpod](https://gitpod.io/#https://github.com/nextflow-io/training) e use o seguinte comando para ir até a pasta `nf-customize`. Visualize os arquivos nessa pasta utilizando o comando `tree`:
+
+    ```bash
+    cd /workspace/gitpod/nf-training
+    tree .
+    ```
+
+## Variáveis do ambiente
+
+Por padrão, o Nextflow irá trazer a última versão estável para seu ambiente.
+
+No entanto, Nextflow vive em uma evolução constante na medida que melhorias são implementadas.
+
+As últimas versões podem ser conferidas no GitHub, [aqui](https://github.com/nextflow-io/nextflow/releases).
+
+Se você deseja utilizar uma versão específica do Nextflow, você pode configurar a variável `NXF_VER` como mostrado abaixo:
+
+```bash
+export NXF_VER=23.10.1
+```
+
+!!! note
+
+    Esse material requer uma versão igual ou posterior a `NXF_VER=23.10.1`.
+
+Se você exportou a variável `NXF_VER` como acima, execute `nextflow -version` novamente para confirmar que suas mudanças foram aplicadas.

docs/envsetup/01_setup.pt.md

@@ -0,0 +1,66 @@
+# Gitpod
+
+Gitpod é um ambiente de desenvolvimento em nuvem feito para equipes desenvolverem software de forma segura e eficiente. Ele pode aprimorar sua experiência de desenvolvedor ao possibilitar que programe em um ambiente de desenvolvimento em nuvem.
+
+## Criando uma conta no Gitpod
+
+Você pode criar uma conta gratuita no [Gitpod](https://gitpod.io/) usando sua conta pré-existente no GitLab, GitHub ou Bitbucket.
+
+Você pode criar uma conta usando a [página de login do Gitpod](https://gitpod.io/login/).
+
+![Gitpod log in](img/login.png)
+
+Recomendamos que conecte sua conta do LinkedIn para receber um tempo adicional de uso de 50 horas.
+
+![Gitpod log in one step](img/onestepaway.png)
+
+Depois de selecionar seu editor e tema preferidos e conferir os detalhes do seu perfil, clique em continuar e sua conta será criada e já estará pronta para uso.
+
+!!! note
+
+    Recomendamos que utilize o editor de texto VS Code.
+
+## Executando o Gitpod
+
+Clique na URL a seguir para executar o Gitpod: <https://gitpod.io/#https://github.com/nextflow-io/training>
+
+Essa URL é o repositório de treinamento do Nextflow prefixado com `https://gitpod.io/#`.
+
+Você também pode acessar o material clicando no botão abaixo.
+
+[![Open Gitpod](https://img.shields.io/badge/Gitpod-%20Open%20in%20Gitpod-908a85?logo=gitpod)](https://gitpod.io/#https://github.com/nextflow-io/training)
+
+Se você já estiver logado, seu ambiente no Gitpod começará a carregar.
+
+### Explore sua IDE no Gitpod
+
+Após o carregamento concluir, você poderá ver algo semelhante a isso:
+
+![Gitpod welcome](img/gitpod.welcome.png)
+
+- **A barra lateral** permite que você customize seu ambiente Gitpod e realize tarefas básicas (copiar, colar, abrir arquivos, buscar, git, etc.). Você pode clicar no explorador para ver que arquivos estão presentes em seu repositório.
+- **O terminal** permite que você execute todos os programas no repositório. Por exemplo, `nextflow` e `docker` estão instalados e podem ser executados.
+- **O explorador de arquivos** permite que você visualize e edite arquivos. Clicar em um arquivo no explorador irá abri-lo na janela principal.
+- **O navegador** permite que você visualize o material de treinamento (<https://training.nextflow.io/>). Caso o feche acidentalmente, você pode iniciar o navegador novamente executando o seguinte comando no terminal: `gp preview https://training.nextflow.io`.
+
+### Recursos do Gitpod
+
+O Gitpod fornece 500 créditos gratuitos por mês, o que é equivalente a 50 horas de uso gratuito do ambiente de execução usando a área de trabalho padrão (até 4 núcleos, 8 GB de RAM e 30 GB de armazenamento).
+
+Também há a opção de uma área de trabalho maior, que fornece até 8 núcleos, 16 GB de RAM e 50 GB de armazenamento. No entanto, essa área de trabalho maior irá utilizar seus recursos mais rapidamente e você terá menos horas de acesso a ela.
+
+O ambiente Gitpod irá pausar após 30 minutos de inatividade e salvará suas mudanças por até 2 semanas.
+
+Mais informação sobre o Gitpod está disponível em [gitpod.io](https://www.gitpod.io).
+
+### Reiniciando uma sessão no Gitpod
+
+Você pode reiniciar um ambiente na página <https://gitpod.io/workspaces>. Ambientes anteriores serão listados nessa página. Basta selecionar a elipse (os três pontos) e então eselcionar `Open` para reiniciar um ambiente anterior.
+
+Se você salvou a URL de um ambiente anterior do Gitpod, para reiniciá-lo basta abrir a URL em seu navegador.
+
+Você também pode apenas iniciar um novo ambiente de treinamento na URL a seguir: <https://gitpod.io/#https://github.com/nextflow-io/training>
+
+### Salvando arquivos do Gitpod na sua máquina local
+
+Para salvar qualquer arquivo do painel do explorador, clique no arquivo com o botão direito do mouse e selcione `Download`.

docs/envsetup/02_local.pt.md

@@ -0,0 +1,90 @@
+# Instalação local
+
+Se você **não conseguiu** acessar o Gitpod, uma alternativa é instalar tudo localmente.
+
+Alguns dos requisitos podem ser diferentes, a depender da sua máquina local.
+
+## Requisitos
+
+Nextflow pode ser utilizado em qualquer sistema compatível com o POSIX (Linux, macOS, Subsistema Linux para Windows, etc.).
+
+**Requisitos**
+
+- Bash
+- [Java 11 (ou posterior, até o 21)](https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html)
+- [Git](https://git-scm.com/)
+- [Docker](https://docs.docker.com/get-docker/)
+
+**Requisitos opcionais**
+
+- [Singularity](https://github.com/sylabs/singularity) 2.5.x (ou posterior)
+- [Conda](https://conda.io/) 4.5 (ou posterior)
+- [Graphviz](http://www.graphviz.org/)
+- [AWS CLI](https://aws.amazon.com/cli/)
+- Um ambiente computacional configurado no AWS Batch
+
+## Baixando Nextflow
+
+Execute esse comando em seu terminal:
+
+```bash
+wget -qO- https://get.nextflow.io | bash
+```
+
+Você também pode usar o comando `curl`:
+
+```bash
+curl -s https://get.nextflow.io | bash
+```
+
+Em seguida, garanta que o binário baixado é executável:
+
+```bash
+chmod +x nextflow
+```
+
+Por fim, garanta que o executável do `nextflow` está na sua `$PATH`. O executável pode estar presente em `/usr/local/bin`, `/bin/`, etc.
+
+## Docker
+
+Garanta que o Docker Desktop está rodando em sua máquina. Você pode baixar o Docker [aqui](https://docs.docker.com/get-docker/).
+
+## Material de treinamento
+
+Você pode ver o material de treinamento [aqui](https://training.nextflow.io/).
+
+Para baixar o material, execute esse comando:
+
+```bash
+git clone https://github.com/nextflow-io/training.git
+```
+
+Então use `cd` para entrar no diretório `nf-training`.
+
+## Verificando sua instalação
+
+Verifique que você instalou `nextflow` corretamente executando o seguinte comando:
+
+```bash
+nextflow info
+```
+
+Esse comando deve imprimir a versão, o sistema e o ambiente de execução atuais.
+
+!!! question "Exercise"
+
+    Para testar que seu ambiente está funcionando corretamente, execute o seguinte comando:
+
+    ```bash
+    nextflow info
+    ```
+
+    Esse comando deve trazer informação sobre a versão do Nextflow e sobre seu ambiente de execução:
+
+    ```console
+    Version: 23.10.1 build 5891
+    Created: 12-01-2024 22:01 UTC
+    System: Linux 6.1.75-060175-generic
+    Runtime: Groovy 3.0.19 on OpenJDK 64-Bit Server VM 11.0.1-internal+0-adhoc..src
+    Encoding: UTF-8 (UTF-8)
+    ```

docs/envsetup/index.pt.md

@@ -0,0 +1,11 @@
+# Configuração do ambiente
+
+Os cursos de treinamento oferecidos no portal de treinamento da comunidade de Nextflow são otimizados para uso dentro do nosso ambiente Gitpod.
+
+O Gitpod oferece uma máquina virtual com tudo já configurado para seu uso, acessável através do seu navegador ou integrados com seu editor de texto (por exemplo, VSCode).
+
+Se você já possui uma conta no Gitpod, clique no botão abaixo, caso contrário, continue nesse módulo para configurar sua conta.
+
+Vamos começar!
+
+[![Abra no Gitpod](https://img.shields.io/badge/Gitpod-%20Open%20in%20Gitpod-908a85?logo=gitpod)](https://gitpod.io/#https://github.com/nextflow-io/training)