R绘图指南

点-errorbar图

数据样本如下

ID	POP mean	upper	lower
A	D 8	10	5
B	W 9	11	6
C	D 8	10	5
D	W 9	11	6

R中的命令如下

library("ggplot2")
a=read.table("test.txt",header=T)
ggplot(a,aes(ID,mean,color=POP))+geom_point()+ylim(0,20)+geom_errorbar(aes(ymax=upper,ymin=lower),width=0.3)

ggplot(a,aes(ID,mean,color=POP))中，a是数据，aes里面的头两个，分别是横纵坐标，x和y，color=POP表示按照POP的不同来给颜色 这个图是点+errorbar两种元素构成，画图的时候分别绘制两种元素，这里就是geom_point合geom_errorbar
ylim的意思是纵坐标的范围

柱状图

数据如下

ID	num
A	18
B	90
C	78
D	23

R命令如下

a=read.table("test.txt",header=T)
ggplot(a,aes(ID,num))+geom_bar(stat="identity",width=0.7)

R基础统计

a=read.table("05.Gene.stat.pl.Exon.num.txt")
summary(a)
head(a)
mean(a$V3)
sd(a$V3)

a=read.table("05.Gene.stat.pl.mRNA.len.txt",header=T) #读取有header的文件，header前面不能有#，必须和下面的列数一致

density画图指令

a=read.table('sixSpecies.CDS.len.txt',header=T)
library("ggplot2")
pdf(file="cds_length.pdf")
ggplot(a,aes(len,color=species))+geom_density()+xlim(0,7500)
dev.off()