baysian-optimization

Using baysian-optimazation for cell free

ディレクトリ構成

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├── .vscode
├── analysis                       　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　<- データ分析用のコード
├── bayesian_optimization          　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　<- 次の実験候補を選択するために使われるコード。初回候補をD最適基準で選ぶためのコードもここにある
├── build_samples                                              <- 実験候補を作成するためのコード
├── data
│   ├── acuisiton_function_prediction                          <- 獲得関数の計算結果
│   ├── estimated_y_prediction_gpr_one_kernel                  <- 発現量の予測値
│   ├── estimated_y_prediction_gpr_one_kernel_std              <- 発現量の予測値の標準偏差
│　　  ├── old_data                                               <- 最初の頃使用していたが失敗したため使っていないデータ
│   ├── remaining_samples                                      <- 実験ごとに未使用の実験候補を保存する
│   ├── result                                                 <- 毎回の実験結果を保存する
│   ├── next_samples                                           <- 選択された次の実験候補
│   ├── generated_samples.csv                                  <- build_samplesで作成された実験候補
│   └──  result.csv                                            <- 全ラウンドの実験結果を一つのファイルにまとめたもの   
│
├── env 
├── .env
├── .gitignore
├── LICENSE
├── Makefile
├── README.md
├── requirements.txt
├── setup.py
├── test_environment.py
└── tox.ini            

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Project based on the cookiecutter data science project template. #cookiecutterdatascience