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OOAAHH authored Oct 28, 2024
1 parent 39f8d8a commit 0592704
Showing 1 changed file with 8 additions and 8 deletions.
16 changes: 8 additions & 8 deletions docs/From10X/scRNA-seq/README.md
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -58,33 +58,33 @@
让我们回到BioOS平台,来到我们的cellrangerTest页面。试试看,找到页面上的"运行参数"选项卡>输入参数>"上传JSON文件",将您的json文件上传。

然后,点击页面上的绿色按钮"开始分析",等待任务完成。
<p align="center">
<img src="../../Pics/scRNA-seq_fig.1.png" alt="注意右上角的绿色按钮,点击这里即可开始分析,并在3s后自动跳转到分析历史界面" title="这还是测试" style="width80%; height:auto;"/>
</p>

<p align="center">
<img src="../../Pics/scRNA-seq_fig.1.png" alt="注意右上角的绿色按钮,点击这里即可开始分析,并在3s后自动跳转到分析历史界面" style="width:auto; height:auto;"/>
</p>


<figure style="text-align: center;">
<img src="../../Pics/scRNA-seq_fig.1.png" alt="分析流程图" style="width:50%; height:auto;"/>
<figcaption>注意右上角的绿色按钮,点击即可开始分析,并在3秒后自动跳转到分析历史界面。</figcaption>
</figure>


## 查看结果
任务完成后,您可以在分析历史中看到您的任务。点击任务名称,进入任务详情页面。在任务详情页面,您可以查看/下载结果。
<p align="center">
<img src="../../Pics/scRNA-seq_fig.2.png" alt="现在这张图片展示了任务分析历史的详情,你可以在这里再次查阅输入和输出参数。当然你也可以在这里查看或下载结果" style="width:80%; height:auto;"/>
<img src="../../Pics/scRNA-seq_fig.2.png" alt="现在这张图片展示了任务分析历史的详情,你可以在这里再次查阅输入和输出参数。当然你也可以在这里查看或下载结果" style="width:auto; height:auto;"/>
</p>
点击"查看",让我们来看看结果吧!所有的结果文件都会列出在这里,除了结果之外,也包括运行日志等文件,这取决于WDL文件的具体设置。
<p align="center">
<img src="../../Pics/scRNA-seq_fig.3.png" alt="注意右上角的绿色按钮,点击这里即可开始分析,并在3s后自动跳转到分析历史界面" style="width:80%; height:auto;"/>
<img src="../../Pics/scRNA-seq_fig.3.png" alt="注意右上角的绿色按钮,点击这里即可开始分析,并在3s后自动跳转到分析历史界面" style="width:auto; height:auto;"/>
</p>
在这个示例中,我们需要的文件在"outs"文件夹中,让我们逐渐深入文件夹,找到我们需要的文件。
<p align="center">
<img src="../../Pics/scRNA-seq_fig.4.png" alt="注意右上角的绿色按钮,点击这里即可开始分析,并在3s后自动跳转到分析历史界面" style="width:80%; height:auto;"/>
<img src="../../Pics/scRNA-seq_fig.4.png" alt="注意右上角的绿色按钮,点击这里即可开始分析,并在3s后自动跳转到分析历史界面" style="width:auto; height:auto;"/>
</p>
比如,我们希望直接拿到filtered_feature_bc_matrix.h5ad文件,点击"下载",我们可以下载结果。
<p align="center">
<img src="../../Pics/scRNA-seq_fig.5.png" alt="注意右上角的绿色按钮,点击这里即可开始分析,并在3s后自动跳转到分析历史界面" style="width:80%; height:auto;"/>
<img src="../../Pics/scRNA-seq_fig.5.png" alt="注意右上角的绿色按钮,点击这里即可开始分析,并在3s后自动跳转到分析历史界面" style="width:auto; height:auto;"/>
</p>

Bravo! 到此为止,您已经掌握了BioOS的基本使用方法,并成功完成了一次10X Genomics scRNA-seq的分析。但请注意,这只是冰山一角,BioOS还有更多的强大功能等待您的探索。下面,让我们结合一个更复杂的例子,来展示BioOS的强大之处。
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