Podklady pro praktické příklady v předmětu C1473

Kroky popsané v tomto dokumentu je třeba provést několik dnů před začátkem kursu. Vyžadují reakci správců infrastruktury, která může mít jistou prodlevu, a v den konání už se nestihne. Bez splnění těchto předpokladů předmět nelze absolvovat.

Přihláška Metacentra

Nemáte-li ještě z jiných důvodů účet v národní infrastruktuře Metacentrum, požádejte o něj vyplněním formuláře https://metavo.metacentrum.cz/cs/application/prihlaska

1. Na tomto odkazu vyberte v části "Přímé odkazy na přihlášení přes vybrané instituce" políčko MUNI.
2. Formulář vás přesměruje na stránku jednotného přihlášení MU, tam zadáte své IČO a primární heslo.
3. Po úspěšném přihlášení se dostanete na vlastní formulář přihlášky:
   • Jako důvod k využití infrastruktury uveďte praktická cvičení v předmětu C1473
   • Uživatelské jméno a heslo: pro tento předmět ho potřebovat nebudete, ale zvolte něco smysluplného pro případné budoucí využití (změnit uživatelské jméno je dost komplikované)
   • Příslušnost k instituci uveďte Přírodovědeckou fakultu MU
   • Zkontrolujte správnost předvyplňených osobních údajů
   • Žádné nepovinné položky nevypňujte :-)
4. Vyčkejte na emailové potvrzení, že přihláška byla přijata.

Start serveru v JupyterHubu

1. Po schválení přihlášky Metacentra přejděte na https://hub.cloud.e-infra.cz/

2. Klikněte na tlačitko přihlášení pomocí e-INFRA CZ AAI

3. Z nabízených možností vyberte opět "Masaryk University" a zadejte UČO a primární heslo

4. Zobrazí se vstupní stránka JupyterHub, na ní vyberte "My Server"

5. Formulář přejde na část "Choosing Image", zvolte variantu "Simple Jypyter Images" a "Minimal NB with AI" a klikněte "Next"

6. V následující části "Choosing storage":

   • Při prvním přístupu vyberte "Persistent Notebook Home" -> "New", vytvoří se váš vlastní pracovní prostor.
   • Při následujícím přístpu volte "Existing" a vyberte variantu USERNAME-home-default.

   Žádné další volby nezapínejte.

7. V části "Resources" ponechte implicitní nastavení, tj. CPU limit 1, memory limit 4 a "None" pro GPU a klikněte na "Submit"

8. Během nanejvýš několika minut se server nastartuje a formulář vás na něj automaticky přesměruje.

JypyterHub dovoluje jednomu uživateli spustit více serverů a používat více různých pracovních prostorů, ale snažte se to nedělat, dokud jasně nevíte proč, riskujete tím zbytečný zmatek na vlastním písečku.

Nastartovaný server zpravidla běží několik dnů, v tom případě vás na něj tlačítko "My Server" na úvodní straně přímo navede. Jinak při návratu postup zopakujte (s volbou druhé alternativy v kroku 6).

Nakopírování podkladů

1. V nastartovaném serveru (prostředi JupyterLab) vyberte položku menu "File" -> "New" -> "Terminal"

2. Nakopírujte si repozitář podkladů k předmětu: v otevřeném okně terminálu zadejte příkaz

   git clone https://github.com/sb-ncbr/c1473-public.git
   

   Tento příkaz se nepovede, pokud z nějakého předchozího pokusu už kopii máte. Původní kopii můžete buď přejmenovat mv c1473-public stary_pokus.c1473-public nebo odvážně smazat rm -r c1473-public (ale pak se nedivte, že jste o všechny svoje změny přišli).

3. Nainstalujte potřebné pythonové balíčky

   pip install -r c1473-public/requirements.txt
   

Kopírování repozitáře stačí provést pouze poprvé, instalaci balíčků je třeba zopakovat po případném restartu serveru.

Stažení dat a ověření funkčnosti prostředí

1. V levém panelu Jupyter Labu proklikněte do adresářů c1473-public a 00-prepare a dvojklikem nastartujte notebook prepare.ipynb
2. V menu vyberte "Run" -> "Run all cells"

Všechny buňky by měly proběhnout bez chyb a ve výstupu poslední by se měla zobrazit molekula proteinu Tryptophan cage s ovládacími prvky na spuštění animace a ta by měla být funkční.

Zobrazení molekul knihovnou NGLView je citlivé na prostředí webového prohlížeče. Pokud se místo obrázku zobrazí pouze text NGLWidget(max_frame=52199), nebo například Failed to load model class 'NGLModel' from module 'nglview-js-widgets' Error: No version of module nglview-js-widgets is registered, vymažte cache prohlížeče (např. v Google Chrome "Settings -> Privacy and Security -> Delete browsing data -> Cached images and files" a stránku znovu načtěte, případně se připojte v anonymním okně.